刘仁轨上表，表示：“……主上欲吞灭高丽，先诛百济，留兵镇守，制其心腹。虽敌人又起，而我军备预甚严，宜厉兵秣马，击其不备。战而有胜，士卒自安。如此，则胜利可保，更可永消海外。今平壤之军既回，熊津又拨，则百济余烬，不日复兴。高丽贼寇，亦更猖狂。且今以一城(百济城)之地，居贼中心，如其失脚，即为亡虏。拨入新罗，又是坐客，脱不如意，悔不可追。况(扶余)福信凶暴，残虐过甚，(扶余)丰猜惑，外合内离，势必相图。唯宜坚守观变，乘便取之，不可动也。”
高宗君臣仔细研究，深觉刘仁轨言之有理，便让唐军继续留在百济城坚守。
唐军并不龟缩于百济城中不敢轻出。刘仁轨先出奇兵，首发制人，率军先端掉扶余福信派人修建的真岘城(今韩国镇岑县)，虽然此城“临江高陆”，唐军连夜奇袭，一举攻破，“遂通新罗运粮之路”。
另一个好消息传来：果如刘仁轨所料，百济王子扶余丰越来越不能忍受堂叔扶余福信的跋扈，两人火并，扶余福信被杀。全身被剑捅刀劈之时，不知这位大将是否后悔自己召来了作为“掘墓人”的大侄子。
杀掉扶余福信，扶余丰连忙派使，分往高丽和倭国搬兵。高丽没啥大动静，倭国却迫不急待，他们也效“围魏救赵”之计，派兵数万进击新罗，攻取数城，然后直扑百济旧地。
唐廷也没大意，急诏右威卫将军孙仁率近一万唐兵从海路乘军船驰援。两军会师百济城，“兵士大振”。也难怪，孙仁唐军不仅带来生力军，又有坚船斗舰，大量补给、辎重也随船而至，难怪唐兵欢天动地。
唐军诸将议事。有人建议率先进攻当水陆要冲的加林城。
刘仁轨不同意。“加林城险固，急攻则伤损战士，围守则用日持久，不如先攻周留城(今韩国扶安，位于白江河口上游左岸)。周留城乃贼之巢穴，群凶所聚，除恶务尽，须拨其源。如克周留，则诸城自下”。
于是，刘仁师、刘仁愿以及新罗王金法敏率陆军，刘仁轨以及先前降附的百济王子扶余隆率水军，从熊津江出发，水陆并进，直趋白江口，准备合军直捣固周坚城。
高宗龙朔三年(公元663年)八月，刘仁轨水军率先行至白江口。很快，倭国水军四百余艘也绵延驶至。宽阔水面上，唐、倭两路水军对峙。
双方合战。唐军四战皆捷，水陆连胜。虽然唐军军船在数量上占绝对劣势，但隋唐时期我国的造船技术还是非常高超，船壁高而坚，设计精良，日本的兵船与之相较，自然简陋寒酸。当时，倭奴还未从我中华天朝偷师学艺，技术方面落后得很，兵将甲胄质量又不好，唐军箭雨之下，倭兵倭将往往被射得透心凉。最重要的一点，在于刘仁轨自然通晓“火烧赤壁”之事，倭奴当时还不像唐以后那样精通中华典故、兵书，四百多艘破木船蛆一样挤在一起，被唐军连发火箭，顺风投火，一时间“烟焰涨天，海水皆赤”。烧死呛死外加弃船跳水淹死，一万多倭奴军全都成了水怪沉到白江口水底喂了王八。
海上大败，百济、倭奴陆军也抗不住唐、新联军的进攻，被杀得人仰马翻。扶余丰脱身而逃，唐军最终是“获其宝剑”，这个“百济王”竟不知所之，人间蒸发了(估计是被杀、淹死或在逃跑途中让自己人干掉。早知如此，当初他还不如留在倭国吃生鱼片呢)。周留城内拒守的百济王室扶余忠胜、扶余忠志兄弟知道大势已去，率城内守军、士女以及未被杀掉的倭奴兵将，“一时并降”。当时，倭人好像还没养成临败自己用刀掏肚子的习惯，一系列小矬个子军将，通通跪伏于泥淖之中，听凭唐军与新罗军发落。五、六万倭奴军，死的死、伤的伤，降的降，跑的跑，终于心悦诚服地挨了中华天朝一顿猛揍。
“百济诸城，皆复归顺”。就连降而复叛的百济大将黑齿常之等人，也乖乖诣刘仁轨军营投降。黑齿常之后来还成为唐朝得力大将，威振朔方。
刘仁愿回长安后，高宗向他询问情况，这位大将不专功，说明战役主要指挥者以及表章主拟人均是刘仁轨。高宗“深叹赏之，因超加(刘)仁轨六阶，正授带方州刺史，并赐京城宅一区。”本来，显庆五年高宗征高丽，时为青州刺史的刘仁轨监统水军，因中途遇风失期，到达战场时晚了一天，被削夺官职“以白衣随军自效。”正是因为百济余孽跳梁，倭奴渡海送死，白江口一役，终于成就了刘仁轨一世威名。值得一提的是，刘仁轨乃文官儒将，破百济时已是六十老翁。
刘仁轨丝毫不敢懈怠。他安抚百济余众，屯田厉兵，积粮抚士，准备下一步进灭高丽的战争。同时，他连上表奏，极言百济之地不可轻弃，“伏惟陛下既得百济，欲取高丽，须外内同心，上下齐备，举无遗策，始可成功……”高宗深纳其言。
百济亡国，下一个肯定轮到高丽。几年后，权臣盖苏文病死，其诸子争权，长子泉男生为二个弟弟泉男建、泉男产所逐，穷急之下投奔唐朝。在这个“内奸”带路指引下，高宗总
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