一、战争的起源
沙皇俄国是对中国进行领土侵占最疯狂的国家，19世纪60年代，随着西方列强在世界范围内争夺殖民地斗争的日趋激烈，中国的边境形势日益紧张。沙俄在第二次鸦片战争中夺取了中国东北边疆的大片领土，随后便把侵略魔爪伸向中国西北边疆。1864年，沙俄通过与清政府签订《中俄勘分西北界约记》，又侵占了中国西部领土44万多平方公里（现在划入吉尔吉斯斯坦和哈萨克斯坦等国的中国领土，就是在1864年归属沙皇俄国的），并妄图吞并整个新疆。
就在清朝在沙俄军队的炮口下被迫签订丧权失地的《中俄勘分西北界约记》的同时，新疆各地也卷入了太平天国运动和陕甘回民起义影响下的各民族反清起义浪潮。封建宗教头目趁机而起，新疆出现了割据纷争，各自为王的混乱局面。
喀什噶尔由伊斯兰教白山派首领马木提艾来木占据称王。不久，柯尔克孜族部落头目司迪克，联络回族封建主金相印，在混乱中夺取了喀什噶尔，由司迪克称王。马木提艾来木与司迪克为达到独霸新疆的目的都致书中亚的浩罕汗国（1710～1876年，原属布哈拉汗国，1710年，乌兹别克明格氏族首领沙鲁赫建立以浩罕城为首都的独立国家。属地为中亚浩罕、安集延、马尔吉兰、纳曼干等城的费尔干纳盆地。1760年，即中国清朝乾隆二十五年，浩罕统治者额尔德尼臣附中国。浩罕汗国鼎盛时期疆域西北临咸海，包括锡尔河下游附近的哈萨克草原；东北扩展到巴尔喀什湖以南中国地区；南达喀拉提锦等山区领地。1876年初被沙皇俄国吞并）借兵。欲借助外部势力驱逐剿灭对手。
1865年(清同治三年五月)，金相印在喀什噶尔勾引浩罕汗国阿克曼吉特要塞司令阿古柏侵入中国，进攻喀什噶尔城。6月，在库车的东干人（源自中国甘肃及陕西回族，是我国回族的一部分）响应，杀清廷的办事大臣满洲人文艺及维吾尔人爱默特。7月，吐鲁番地区也有东干人起事，占了托克逊城。8月，清廷的乌鲁木齐参将索焕章叛变，杀害他的上司提督业布冲额，拥立一个来自西宁的阿訇妥明。妥明僭号“清真王”。9月，阿古柏攻下叶尔羌，清廷的参赞大臣奎栋被杀。喀什噶尔与英吉沙尔的清廷驻军投降阿古柏，这两城也入了阿古柏之手。10月，清真王妥明攻下乌鲁木齐的满城，击败清廷的都统平瑞。平瑞逃到绥来，被杀。11月，阿古柏攻占阿克苏与乌什；妥明攻占了库尔喀喇乌苏。12月，妥明的军队向西，进攻伊犁；向东，进攻济木萨(孚远)。两地的清军均被击败。
同治四年正月，妥明攻下济木萨；事先，攻下济木萨之东的古城子。四月，攻下奇台，杀了清廷的领队大臣惠庆。六月，肃州的东干分兵攻下哈密，杀了清廷的办事大臣札克当阿。
阿克曼吉特要塞司令阿古柏部侵略军
同治五年五月，妥明攻占塔尔巴哈台(塔城)与伊犁，杀了参赞大臣武隆额与将军明绪。十二月，肃州的东干再度攻占哈密。同治六年四月，清军夺回哈密。(布士尔克在这一年被废，称“巴达吾来特阿孜”意即洪福之王)这样，双方相持到同治九年，北疆的形势发生变化。妥明与阿古柏失和，派兵到南疆库车对阿古柏作战，失利。阿古柏收买妥明的大将马仲，对妥明夹攻，妥明向阿古柏投降。于是，北疆的大部分也成了阿古柏的领土。
二、军民的英勇抵抗
这时，居住在迪化，出身于将门世家，武功绝伦的汉族民团首领徐学功（1843一1912年，其祖父徐正泰，曾任甘肃凉州千总，守备迪化。其父徐登治，曾任达坡城把总），看见汉人到处被虏掠屠杀，便号召一些汉人对阿古柏侵略军与叛乱的东干人作战。他的部队逐渐发展，竟有数千之众，兵强马壮。
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