1286年正月，忽必烈罢征日本，调集军队、粮草，准备大举进攻安南。到第二年正月，忽必烈调集8万大军（江淮、江西、湖广蒙、汉军7万人、云南兵、黎族兵约1万人；船500艘），成立征交趾行省，以奥鲁赤为平章政事，乌马儿、樊楫为参知政事，受镇南王脱欢节制。十一月，元军分三路攻入安南境内。程鹏飞、孛罗合答儿由西道攻永平，大小十七战，连破老鼠、陷沙、茨竹三关，直抵万劫；脱欢、奥鲁赤从东道攻女儿关；乌马儿、樊楫从海道攻安邦口。各路元军会合后，矛头直指升龙。十二月，脱欢率诸军渡过富良江，击败守军，再次进占了安南都城。安南国王逃进了敢喃堡。安南军民以坚壁清野，藏粟逃匿的策略困扰元兵，而元军粮船又在绿水洋受到安南军的阻截，粮食全部沉入海中。元军的长驱深入，造成士卒疲敝，粮饷短缺，加之天气转热，疲病发生，使元军陷于进退失据之困境，次年二月初，脱欢只得下令全师北撤。在元军撤退途中，安南王集结重兵30万据女儿关和丘急岭一带布防百余里，准备再次截击归师。脱欢闻讯下令各路军队避开敌军，分道撤回国内。元军水师在白藤江遭安南军阻击，主将樊楫受伤被俘。总领脱欢也在且战且退中毒箭伤脚，从单己县撤回思明州。三月，安南国王遣使入元，归还俘虏，进贡金人以代谢罪。忽必烈十分恼怒，但仍不得不恢复和好关系。
1293年七月，忽必烈第三次调集大军出征安南。翌年正月，元世祖忽必烈病逝，成宗铁穆耳即位，下诏罢征安南，宽宥其"抗命之罪"。此后，两国边境虽然发生过一些小规模冲突，但始终维持着安南对元朝的朝贡关系。
四战降服占城国
1278年，元朝福建行省参政唆都派使节到达占城（越南中南部古国）。使节回报占城国王有归顺之意，元世祖忽必烈封其为占城郡王。1279年十二月，忽必烈派兵部侍郎骄华德、唆都等出使占城国，要求占城国王入朝。占城国王（保宝旦）派使者至元朝进贡，奉表归降。贡物包括大象。1281年十月，元朝设立占城行省，以唆都为右丞、刘深为左丞。调集海船百艘、士卒水手万人，准备第二年正月出征海外，要求占城郡王供给军粮。未久，占城王子布德专权，扣押了元朝派往暹国(泰国)、马八儿国(印度半岛南端佩内尔河以南)的使者，忽必烈决心讨伐之。
1282年六月，忽必烈下令调集淮、浙和福建、湖广驻军5,000人，海船100艘、战船250艘，由唆都统率水陆两军循海道进攻占城。当年十一月，唆都率军从广州出发，航海到占城港（今越南平定省归仁）登陆。占城国王（孛由补刺者吾）拒绝了元朝的招降。1283年正月十五日半夜，元军分三路从北、东、南三面乘船攻击木城。第二天早晨两军交战，中午，元军攻入木城。占城国王率部逃入山中。接着，元军进兵大州，占城国王闻讯求降。元军开到大州东南，准许占城国王投降??城国王一面派国舅宝脱秃花为使节应付唆都，一面在大州西北雅侯山立寨，集结2万余人，并速派使者向安南、真腊等国借兵。二月十九日，元军进攻雅侯山，占城军拼死抵抗，并利用地形切断元军归路。唆都率军苦战，才得以突围。随后，唆都在舒眉莲港建立木城，固守待援，并以此为根据地，继续攻击占城郡县。1284年三月六日，唆都奉命北上协助脱欢大将进攻安南，率军撤出占城。二十七日，占城国王见安南不支，遣使求降。
五战大破缅国
1273年，忽必烈派勘马拉史里、奇得脱因等出使缅国，要求缅王派遣王室子弟或显贵大臣来京朝贡。未料，元使一去不归。据缅甸史籍记载，元使是因为晋见缅王不肯脱马靴而被处死的。云南行省见使臣久久不归，缅王毫无表示，便向朝廷建议出兵征讨缅国。忽必烈没有批准，示意先观其动向。
正当元朝在是否出兵问题上犹豫不决时，缅国却先发动了战争。1277年，缅国出动士卒四五万、战象800头大举向元朝镇西路新附千额(今云南盈江县城)及原附金齿(今云南德宏傣族景颇族自治州等地区)侵袭，千额总管阿禾遂向元廷告急。大理路(治所在今大理市)蒙古千户忽都、总管信苴日率领700名骑兵驰援阿禾。元军与缅军在行进中遭遇，激战两日。元军首先破其象队方阵，缅军大乱而败退。元军追逐30余里，攻破其17寨。同年十月，元朝云南诸路宣慰使都元帅纳速剌丁统兵3848人出征缅国。元军进占江头城(今缅甸蛮莫县江新)，招降了附近的掸族部落35200户（约300寨）。后因天气炎热，未深入缅境。纳速剌丁回国后，向朝廷上奏曰：缅国地形虚实，全在我掌中，大可伐之。
1280年二月，纳速剌丁等再次请求征伐缅国，忽必烈予以批准，下诏调兵遣将，积极筹备，正式任命诸王相吾答尔为征缅大军统帅。1283年，征缅元军水陆并进，攻破了江头城、太公城（今缅甸拉因公县境内）等地，分兵驻守。过后，缅王的臣属建都(缅甸北部地区)王乌蒙、金齿西南夷等12个部落归顺元朝。但缅王一直坚持到1285年十一月才向元朝求降。忽必烈允许他悔过自新，重申要缅甸权贵亲自来京朝贡，并为此派兵护送怯烈出使缅甸。然而，怯烈还未到达缅甸首都蒲甘，缅甸就发生了内乱。
1287年，缅国王室发生内讧。缅王庶子不速速古里杀害了缅王，还杀害了元朝云南王派去的官员阿南达等人。不久，不速速古里也在与诸兄弟争位的纷乱中被杀。缅甸蒲甘王朝实际上已经解体，分成若干掸邦。各地纷纷拥兵自立的贵族和掸族部落首领为寻求政治上的支持，大多向元朝投降，接受了元朝任命的宣慰司等各种官职名号。1289年，缅王立普哇拿阿迪提牙也向元朝纳贡称臣，并派自己的儿子信合八到大都朝见元朝皇帝。直到大元末期，缅甸一直保持着对元朝的朝贡及臣属关系。
六战爪哇，长途跋涉无功而返
13世纪下半叶，爪哇杜马班（新柯沙里）王朝国王哈里葛达那加剌称雄于南洋，与中国有着密切的贸易往来。爪哇于是也成为大元帝国放眼南洋的首要目标。
1278年三月，元世祖忽必烈下诏设立福建行省，该行省的主要任务之一就是诏抚海外各国。第二年，福建行省右（元代尚右）丞相唆都派遣赵玉出使爪哇(今印度尼西亚爪哇岛)。十二月，忽必烈特别下令诏抚海内海外各国。1280年十月，元朝遣使爪哇，爪哇亦回派使节表示通好。但忽必烈要求爪哇国王亲自来大都朝觐，遭对方拒绝。1289年，爪哇国王反而还将元朝使臣孟琪黥面（黥即一种刑罚：在脸上刺字或记号并涂墨），送还国内。忽必烈以此为借口，发动了南征爪哇的战争。
1292年二月，忽必烈任命史弼、高兴、亦黑米石为福建行省平章正事，率兵2万，战船千艘，备军粮1年出征爪哇。十二月，史弼等率军从泉州出发，经七洲洋、万里石塘、安南、占城，于第二年二月十三日抵达爪哇杜并足（厨闽）。然后分水陆两路进攻八节涧（泗水）。这时，爪哇正处于内乱之中。曾被杜马班王朝征服的邻国葛朗国（谏义里）王室后裔查耶卡班起兵反抗，杀死爪哇国王哈里葛达那加剌。哈里葛达那加剌的女婿拉登"韦查耶逃到麻喏八歇，积聚力量，伺机反攻。三月一日，元军会师并攻占了八节涧。韦查耶向元军表示归顺，说要奉献当地山川、户口及葛朗国图籍等，请求元军帮助复仇，进兵葛朗国。史弼等人接受了这一请求，派兵增援麻喏八歇。三月七日，葛朗军兵分三路进攻麻喏八歇。第二天，高兴等率兵击退了葛朗军；十五日，元军分三路进攻葛朗。元军与查耶卡班率领的10余万葛朗军激战于答哈，三战三捷，歼灭其主力，查耶卡班投降元军。四月二日，拉登"韦查耶请求离开元军大营，声称回麻喏八歇取正式的归降表和朝贡礼品。史弼等派200名元军护送。中途，拉登"韦查耶竟恩将仇报，杀死护送元兵，集结军队，回头突袭元军大营。元军本来在以少胜多的答哈之战后尚未休整补充，疲惫不堪，只得且战且退，于四月二十四日登舟回国。这次，爪哇国拉登"韦查耶（士罕必都耶）背信弃义，集结军队堵截元军归路，造成元军官兵死亡多达3000多人。
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