1368年，元惠宗妥欢贴睦尔退至上都(今内蒙古正蓝旗境内)。蒙古贵族在退回北方草原后继续保持着政权，这个政权史称"北元"。北元政权持续了二百六七十年，差不多与明朝相始终,最后统一于清王朝。
南北对峙的开始
统治全国的元朝灭亡之后，蒙古贵族仍然企图重新入主中原，不断组织力量反攻。明朝为了巩固自己的统治，对蒙古采取征讨和招抚并用的策略。其结果，双方都没有能够如愿以偿，形成了南北对峙的局面。
北元初期，蒙古贵族依靠的力量主要有三枝：元河南王扩廓帖木儿(又名王保保)率领十余万军队，占据山西、甘肃方面。北元丞相纳哈出拥二十余万众据守辽东。元梁王管辖之下的云南还有十余万军队，策应北元皇帝的军事行动。此外，北元与东面的高丽、西面的畏兀儿地区仍旧保持着政治经济的联系。
1368年冬，惠宗命扩廓帖木儿从山西出兵夺回大都，军行途中，明将徐达乘虚袭击他的后方太原。扩廓帖木儿回师救援，正中计谋，被明军袭破大营。折兵四万，仅率十八骑逃入甘肃。山西被明朝占据。
1369年春夏，北元远相也速几次进攻通州(今北京通县)，都被明军击退。明军乘势北进。惠宗从上都退往应昌(今内蒙古克什克腾旗达里诺尔西岸)，宗王庆生、平章鼎住被明军追及擒杀，一万将士被俘。上都陷落。
1370年四月，驻守在沈儿峪口(今甘肃定西县北)的扩廓帖木儿与徐达率领的明军激战。扩廓帖木儿大败，仅与妻子和少数随从北渡黄河，跑到漠北和林，陕西、甘肃也被明朝占据。
是月，惠宗死于应昌。五月，明军围应昌城，一日而下，惠宗之孙买的里八刺及后妃、诸王、官吏等多人被俘，解往京师。惠宗之子爱酞识理达腊率数十骑逃往和林，与扩廓帖木儿会合。
这一年，爱酞识理达腊即皇帝位，称必力克图汗，年号宣光(137I一1378)，后诺昭宗。
北元节节败退，明朝打算乘胜彻底打垮它的势力，以绝后患。1372年，明军十五万分东西中三路进攻北元。东路军一直进至胪朐河(今克鲁伦河)、土刺河、阿鲁浑河(今鄂尔浑河)和称海(今蒙古西北哈腊乌斯湖南)，打败了所遇到的北元军队，但因征程辽远，常乏水草，又遭到北元军顽强的抵抗，自身的损失也很严重。西路军在甘肃永昌、扫林山〔在肃北〕等地击败数枝北元军，并进至亦集乃路(今内蒙古额济纳旗境)，降其守军，再入瓜州(今甘肃安西东)、沙州(今甘肃敦煌西)，取得了一定的胜利。中路军由徐达统率，在土刺河打败扩廓帖木儿的军队，随后扩廓贴木儿与北元将领贺宗哲合军，向徐达的主力发起进攻，将徐打败，明军死亡万余人，中路军的另一枝军队也被打败。总的看来，这一次明朝对北元的战争，以失利告终。明朝在短时期内再不敢深入北方草原作战，北元则争取了喘息时间，双方在边境地区不断发生拉据式的冲突，其中以北元方面的失败居多。1375年〔宣光五年，洪武八年〕，北元皇帝倚为股肱的扩廓帖木儿死于漠北，使北元军队失去了一位能征惯战的骁将。这一年纳哈出进攻明朝辽东州城，屡被击败。l380年．北元国公脱火赤等经常进扰明边，在亦集乃遭征讨被俘。次年，北元平章乃儿不花在边境地区被徐达击败。
1381年，据守云南的元军遭明朝大军的征讨。白石江(今云南曲靖县东北)一战，元军十余万溃败，被俘二万。梁王把匝剌瓦尔密见大势已去，带着妻、子一同投滇池自杀。与漠北蒙古贵族逐相呼应的这支力量被消灭了。
明朝在不惜劳师费财屡征北元的同时，对主动投降和战争中被俘的大批北元贵族、官吏和军民，都给予优厚的待遇并予安置。明朝希望借此招引更多的北元人马。明初几十年问，确实有大量的蒙古人和汉人从北方跑到内地，成为明朝的臣民。当然，明朝的最终目的是招降北元皇帝。朱元漳曾封昭宗爱献识理达腊之子买的里八刺为崇礼侯，不久将他送还漠北，并几次遣使给爱酞识理达腊送信，劝他及早归降。但是明朝皇帝从来没有得到北元皇帝的回音。
脱古思帖木儿的败亡
根据明代史书记载，脱古思帖木儿可能就是爱猷识理达腊之子买的里八剌。1370年他在应昌被明军俘虏，1374年被送还。1378年爱猷识理达腊死去，他继任北元皇帝，称乌萨哈尔汗，年号天元(1379-1388)。他对明朝继续坚持毫不妥协的立场。
明朝在进攻脱古思帖木儿之前，需要消灭纳哈出。被誉为知兵善战的纳哈出率二十余万众驻扎金山(今吉林双辽县东北)一带，始终没有受到很大的军事冲击。这支强大的势力，使明朝攻打北元汗庭时的掣肘之患。
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