五月，征日行省侦知，靠近大宰府的平户岛守军皆调至大宰府，应以该岛作为两路军的会师地点。忽必烈将此情报通知两路军统帅阿刺罕，由他做出决定。阿刺罕作出两路军会师平户岛的决定后，在六月初病死。忽必烈任命阿塔海代替阿刺罕职，由于人事更动，致使范文虎江南军未能按期出发。范文虎于六月初已派出先遣舰队去壹歧与东路军联系，不幸这只舰队误至对马，然后始至壹歧。九州日本守军知道江南军（尚不知是先遣军）至壹歧岛，总指挥藤原经资率一部分军队进攻壹歧。六月二十九日和七月二日，激战二日日军不敌，退走。

　　范文虎因先遣舰队已经出发不宜久等，遂在阿塔海未到任的情况下，命江南军于六月十八日分批开航。阿塔海于六月二十六日到庆元，这时江南军已全部离港，所以阿塔海未能参与江南军的指挥工作。此时军中无主，身为江南军指挥的范文虎便借机暗中操纵手下亲信，使他们推举他为两军主帅。

　　范文虎青玉押，方形，虎钮，高2.7厘米，边长3.5厘米，虎作卧状，俯首盘尾，两目平视，作捕食姿势，形象逼真，1956年安徽安庆棋盘山范文虎墓出土，现藏安徽省博物馆。

　　范文虎其人，是个志大才疏的庸碌之辈。他原为南宋将领，是当时南宋权臣贾似道的女婿，当蒙宋襄阳攻坚战打的最激烈的时候，曾先后两次率领南宋军援襄，但均遭惨败；咸淳八年（1272年）春，范文虎为保存实力，坐视南宋京湖制置大使李庭芝部下总管张顺、路分钤辖张贵陷入苦战而不救，致使“二张”所部全军覆灭。范文虎投降蒙古后，对自己原来的同胞又变得异常凶残，在元将伯颜攻占南宋国都临安（今浙江杭州）之战时，担任东路水军先锋，率先攻占盐官县（今浙江海宁市），切断临安宋军的逃跑之路，为元朝立下大功。

　　据说当元人进入南宋都城杭州后，南宋朝廷宗庙被洗劫一空。当时有个姓金的，世代为伶官，流离失所，无家可归。一天，金某在路上遇见左丞范文虎。范文虎在宋朝为殿帅时，就与金某熟识。他见了金某说：“过几天朝廷举行宴会，你来献技，不愁没有吃穿。”后来金某如期前往，在宴会上表演优戏，插科打诨说：“某寺里有座大钟，但一连几天，寺奴都不敢敲这口钟。主僧询问原因，寺奴说：‘近来钟楼上有位巨神，样子很怪，我不敢上楼。’主僧连忙去看。那巨神见了主僧，立刻倒身下拜。主僧问：‘你是何神？’巨神答道：‘钟神。’主僧反问道：‘你既是钟神（忠臣），为何还下拜？’”以此来讽刺范文虎。

　　江南军在七月底全军进入指定阵地，范文虎与东路军会师之前，所属各部尚未与日本作战。会师后，除部分军队驻守平户岛外，其余全部元军于七月二十七日开往屯鹰岛。元军先头部队遭到日军舰队的截击，战斗进行了一天一夜，直到天明，日军才撤退。范文虎与忻都等相议，“欲先攻大宰府，迟疑不发”。两路大军会师后，军势大振，本应立即进攻大宰府，之所以迟疑不决，其一是因为各路指挥官内部矛盾重重，洪茶丘与高丽军统帅金方庆仇怨甚深，范文虎又被诸将所轻视，结果意见分歧，指挥难以协调；其二大概是看到了台风到来的前兆，《元史》中记载当时“见山影浮波，疑暗礁在海口，会青髯见于水上，海水作硫磺气”，元军两路统帅均无航海常识，见台风前兆不知躲避，如果当时退到平户、壹歧、对马或高丽，尚可保全。由于在海上迟疑了一天，遂导致全军覆没。

　　八月一日，台风袭来，元军船毁人溺。《元史通俗演义中》记载：

　　“俄觉天昏地黑，四面阴霾，那车轮般的旋风，从海面腾起，顿时白浪翻腾，啸声大作。各舟荡摇无主，一班舵工水手，齐声呼噪，舟内的将士，东倒西歪，有眩晕的，有呕吐的，就是轻举妄动的范文虎，也觉支持不定。当下各舟乱驶，随风飘漾，万户厉德彪，招讨王国佐，水手总管陆文政等，统是逃命要紧，不管甚么军令，竟带着兵船数十艘，乘风自去。”

　　元军师丧大半，江南军张僖所部和也速都儿所部，因见天气恶劣，夜里停泊时，命将战舰各去五十步下锚，因而避免了台风袭击时各舰船互相碰撞，所以损失极小。台风过后，张僖和也速都儿即乘船各处搭救元军将士。江南军总指挥范文虎旗舰破碎沉没，抱船板漂流海上，被张僖所救。张僖立即向范文虎建议，江南士卒未溺死者尚有半数，且皆为青壮战士，可以重整旗鼓进行战斗，利用船坏后将士没有退路义无反顾的心理，强行登陆，因粮于敌，扩大战果。从当时形势来看，这个建议是可行的，但是，刚刚脱险的范文虎已经被台风夺去了斗志，坚持要立刻回师。他对张僖说：“还师之罪，我辈当之，公不与也。”（张僖只得分船于范文虎，收集残卒共同班师。这时平户岛尚有被救起的四千军卒无船可乘，范文虎竟然命令弃之不顾。张僖不忍，将船上战马弃于岛上，载四千军卒回国。

　　范文虎回国后，被遗留在日本海岛上的元军士卒，大部分被日军杀害。据至元十九年（公元1282年），从日本逃回的士卒反映，被遗留在各岛的元军士卒约三万人。因将领皆走，众人推举张姓百户长为帅，组织伐木为舟，伺机回国。八月七日，日军乘船逐岛搜捕，约三万元军除一部分被俘外，其余战死。九日，日军将被俘元军带至八角岛，从中选出新归附的南宋人和工匠、农民留作奴隶，其余尽杀之。被幕府留做奴隶的人中，有部分人如莫青、吴万五以及江南把总沈聪等得以逃回。

　　第二次东征日本的战争和第一次一样，最终也因遭遇台风而失败。蔡东藩所著《元史演义》中记载，江南军十万之众，“有二、三万人丧身刃下，有二、三万人溺毙海中，还有二、三万人，作日本俘囚。日本问是蒙古兵、高丽兵，尽行杀死。惟赦南人万余名，令作奴隶，后来逃还中国，只有三人。”。这条记载明显失实。据现有史料可知，元军两路大军的损失轻重不一。东路大军中高丽士卒和水手共二万七千余人，台风后归国者约一万九千余人，损失约七千余人，不到总数的三分之一。如果减去战死和死于疫病者，则溺于台风的人数还要减少。由高丽水手驾船的蒙、汉军队的损失亦可按此类推。所以，年过五十六岁的百户长张成，能够在元日战争中得以生还，并留下一块记述元日战争的墓碑铭，就不足为奇了。相反，江南军的损失比较惨重，只有张僖和也速都儿部得以全军返还，其余各部均损失惨重。据张僖的估计，台风过后尚有半数军兵尚在，即五万人左右，回师时范文虎抛弃了一些，因而“士卒十丧六、七”的估计是可信的。元世祖忽必烈准备数年的侵日战争，因用人不当，以致江南大军十万之众，三千五百艘战舰，不见一阵，丧师而还。

　　后来忽必烈决心再度东征日本，开始建造大船、训练海军和培训水手。从至元二十年（公元1283年）、二十三年（公元1284年）、二十五年（公元1286年）、二十六年（公元1287年）、二十七年（公元1288年），忽必烈一再下令征日，但都因大臣劝阻或人民起义，使征日之举未能实现。至元三十一年（公元1294年）正月，元世祖忽必烈死去，征日计划也就束之高阁了。