克罗地亚国防军有时候更像抵抗运动的军需武器库：他们会大批大批地投降或者被歼灭，这样，铁托游击队和切特尼克就可以缴获他们的武器装备。波斯尼亚的切特尼克在蒙奇洛·杜伊奇公爵的带领下实力大增，很快就向乌斯塔沙展开了反攻。到1943年，铁托游击队也已经解放了克罗地亚独立国的大片领土。
1943年，德军在东线遭受了主要的失败，意大利军队开始大规模溃逃，他们为反抗乌斯塔沙的游击队留下了大量的武器。铁托游击队很快就成为了南斯拉夫全境最主要的抵抗力量，他们可以同时击败克罗地亚国防军和切特尼克部队，并接受西线盟军的空投物资援助。
切特尼克实力锐减的原因有二：他们对乌斯塔沙的报复演变为种族大屠杀（如同他们在福查屠杀波斯尼亚穆斯林一样），并且他们失去了盟军的援助。一部分切特尼克在杜伊奇领导下逃往意大利，另一部分在德拉查·米哈伊洛维奇领导下转移至塞尔维亚，但他很快被铁托游击队生擒并处死。
苏联红军和铁托游击队最终解放了南斯拉夫，乌斯塔沙被彻底击败。他们甚至在1945年5月9日德军投降后依然顽强抵抗，但很快被歼灭了。一些乌斯塔沙分子、克罗地亚国防军士兵和克罗地亚独立国文职人员在同一个月试图逃往奥地利和意大利，但在奥地利布雷堡被抓获并转交给了铁托游击队。后来他们有的被处死，有的被遣送回国。帕维里奇设法逃脱了。在一些圣芳济会的朋友的帮助下，他在奥地利和罗马躲藏了一段时间，随后流亡阿根廷。
战后，残余的乌斯塔沙分子纷纷潜逃至国外。有的坚持在南斯拉夫国内抵抗：战后大约有20多起恐怖活动或多或少涉及乌斯塔沙。由于缺少民众支持和南斯拉夫人民安全局的高效，他们一般很难取得成功。值得一提的是，南斯拉夫人民安全局的特工在布宜诺斯艾利斯给了安特·帕维里奇致命的一枪。
受害者
乌斯塔沙对塞尔维亚人、犹太人、吉普赛人以及所有反对他们的人，包括克罗地亚共产党人都极端仇视，并试图从肉体上把他们赶尽杀绝。二战期间乌斯塔沙一上台，就开始建造集中营，其中最臭名昭著的就是贾赛诺瓦克联合集中营。
目前尚没有一个精确的统计数字告诉我们究竟有多少人遭到了乌斯塔沙的迫害，仅有的，只是一些估计值而已。但是，有一点是肯定的，那就是有数十万无辜的平民百姓在集中营内外被屠杀。
按照西蒙·威森塔尔中心的报告：
“乌斯塔沙恐怖分子杀害了500000塞尔维亚人，把250000塞尔维亚人赶出了家园，强迫250000塞尔维亚人改信天主教。他们屠杀了数以千计的犹太人和吉普赛人。”
美国大屠杀纪念馆说：
“由于观点不一和缺乏相关资料，当时克罗地亚的塞尔维亚被害者人数估计值出入很大，从25000到1000000的都有。在贾赛诺瓦克集中营被杀害的塞尔维亚人大概25000到700000人。目前最可靠的数字表明，被乌斯塔沙杀害的塞尔维亚人大概在330000到390000之间，其中有45000到52000塞尔维亚人在贾赛诺瓦克被杀。”
贾赛诺瓦克遗址委员会主席斯拉夫柯·哥德斯坦提出有70000到90000人在这一联合集中营遇害。一些其他的学者，例如统计学家弗拉季米尔·日尔亚维奇和博戈留布·柯察维奇也持相同的观点。
贝尔格莱德大屠杀纪念馆主任米兰·布拉伊奇已经汇总了一份超过77000人的贾赛诺瓦克被害者名单。
乌斯塔沙的集中营有：
丹尼卡
贾科沃（3000名被害者左右）
戈斯皮奇
贾德夫诺（35000名被害者左右）
贾赛诺瓦克I-IV（超过500000名被害者）
旧格拉迪斯卡（贾赛诺瓦克V）
贾斯特列巴尔斯柯（1018名被害者）——儿童集中营
克列斯汀涅科
克鲁斯奇卡
列波格拉瓦（1000名被害者左右）
洛伯格勒
帕格（8500名被害者左右）
坦尼亚
标志
乌斯塔沙的标志是一个大写的印刷体字母“U”。这个标志很容易被到处粉刷。它的一个变体是在顶上加一个“+”号，意为十字架。
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