在中国衙门之间扯皮之际，10月26日，巴山号在没有进行必要搜查的情况下，离开上海开往日本。
大英帝国敲诈勒索
11月9日，英国驻上海领事馆行文照会江南苏松太道刘麟祥，要求中国对巴山号“违例扣留”之事进行赔偿，并提出两个办法备选：一是给银3万两了事；二是将各项受损提请仲裁。
刘麟祥回函反问这是根据什么公法。英国领事馆再来函，认为巴山号无端被扣，在基隆港又致搁浅，而且被扣14天内货物被搜查翻乱，损失惨重，到上海后被迫进坞修理。所查出仅3小箱枪弹，“所值无多，何以指为军火？”。至于刘麟祥所问法律依据，英国反问既然是“中国首先干犯”，则中国应当首先提供法律依据。
刘麟祥再回函催问公法依据，认为“中国究违何例，应由索偿人指证”。
12月17日，韩能照会刘麟祥，继续纠缠，甚至说被查获的手枪“专作玩具”，指责中国即使要扣押巴山号，也应该将其带往下一个目的地上海而非基隆。刘麟祥回信很干脆，认为这些都是“空言无本，牵引失当”，“所有一切责中国不能认受。”
总理衙门在其12月8日发给欧格讷的照会中，也全面批驳了英国的要求：一，根据西方报纸报道，巴山号早已由英国出售给日本，并且支付了全价；二、中立船只应当提供没有任何济敌行为的证据；三，该船长居然拒绝提供货单、航海日记等；四，在货单之外查出了没有申报的炮弹；五、该船长见搜出炮弹后居然私下封闭舱门，不准查验。
总理衙门质问，这些情况，根据国际公法，中国究竟是否可以强行搜查？中国之所以没有追查到底，考虑的就是和英国的友好关系，毕竟该船还没有更换旗号。根据国际公法，只要查出有违禁品，可以将船货一同没收，希望英国“明达万国事理，必能持平不偏，不使中国于让权后更受亏损也。”理直而词卑，无奈至极。
皇家法院讲“法理”
1月1日，总理衙门又将邵友濂8月份关于巴山号事件的所有来电点转给英国公使馆翻译朱迩典，同时请赫德出面调停。
赫德告诉欧格讷，此事毕竟是巴山号有可疑情况，而且中国方面事后也没有彻底搜查便予释放，希望就此了结。但欧格讷却认为要严格按照国际公法执行，中国对可疑船只当然可以盘查，但巴山号上只有“手枪两箱，按章不得作为军火”，其被释放之故，在于查无军火，而不是中国的宽容，所以必须赔偿。
英国政府向皇家法官咨询，1月30日皇家法官提出意见，表示虽然巴山号携带了违禁品，但因为“该船系被带往一不合理地偏离该船航线的港口，而且既没有起诉也没有打算到任何捕获法庭起诉便被扣留，没有经过任何审判程序”，所以，“英国政府可有整顿理由支持船主一方提出一合理的赔偿要求”。
对于总理衙门照会中的5条理由，英国公使馆逐条反驳道：一、以报纸所称巴山号已经售予日本为扣押理由，是不充分的，何况报纸的消息来源又是什么呢？二、关于中立船只应当提供没有任何济敌行为的证据，这是错误的，而应当是交战国发现中立船只具有济敌行为的证据后，才能扣押缉拿；三、货单、航海日记等在海上被拦截时就已经提供了；四、在货单之外查出了没有申报的炮弹，其实这些炮弹已经在货单上了，而且其价值很小；五、该船长见搜出炮弹后居然私下封闭舱门，不准查验，这是因为该船被扣的十多天里，兵丁很多，任意搜查，船长无奈才封闭舱门。
根据英国外交部指令，3月9日，英国公使向中国提出了5000英镑的索赔要求。
台湾巡抚痛彻批驳
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