而此时，江海关却来份莫名其妙的电报：“该船无错，应速放行。”真不知这远在上海的江海关又是如何确定该船无错呢？
次日，总税务司再次致电台湾，明确提出只要查出有军火，无论多寡，应照中立条款进行惩罚，即中国没收船货，犯案的西方人则交由英国领事惩处。但英国外交部门再度要求取保后先开往上海。双方又陷入僵局。
英国人终于说服了北京。总税务司9月30日电令，只将“能看见的军火”扣留后，派人押送船只到上海后再查，并称总理衙门已经同意。但邵友濂反对，他说自己接到的总理衙门命令是“必须将能起之军火起出”，因此要求税司先行彻底搜查。
10月2日，邵友濂再度开舱搜查，英国领事却发出了“最后通牒”，要求在次日中午12点释放巴山号，并将所有执照、货单、货物一并发还，“免碍大局”，甚至发出了“不能再作合好之国办理”的威胁。邵友濂赶紧报告总理衙门，接到明确指示“枪弹扣留、船只释放”，已经同意欧格讷提出的船只开往上海的请求。
邵友濂于是停止搜查，将已经搜出的手枪2箱、子弹1箱扣留，其余起出之货，予以发还。马士亦同意，甚至表示不必派人押送上海。
10月5日，巴山号在海关2名扦子手（雪儿注：Tidewaiter,旧时关卡上的检查员,因常用扦子查验货物,所以叫“扦子”，也叫“扦手”）押送下离开台湾。
邵友濂认为，巴山号运送违禁品是铁证，“英使设或偏听一面之词，前来饶舌，尚祈鼎力与之折辩。是为至祷！”请总理衙门要顶住压力。
上海方面，江南苏松太道刘麟祥已经做好了充分准备，并行文英国总领事韩能，要求其派员一同查验。他还担心税司洋员不可靠，请浙江聂台派人协助。
刘麟祥此人，亦是李鸿章亲信，曾长期担任江南制造局总办，据说贪渎很重，担任总办期间直接控制采购权,“遂成大弊二端:一则局中需要最多之物料,率由总办先以廉价购人,而令别人出面以重价售诸局中一则凡欲售物于局中者,必先由其仆隶或司员引进,乃得与总办会晤,皆先议私费,而后及正价,凡仆隶司员皆有所沾润,而皆取偿于物价之中”。但在巴山号事件中，其却也能坚守国家利权。
10月7日晚，巴山号抵达上海，因吃水过深，暂泊吴淞口，以驳船装卸。海关为“一昭慎重”，命令过驳时将其所有舱柜加贴封条，送达码头后统一开验。
货物驳至招商局虹口码头，海关约请苏松太道于10月10日上午7点开始共同查验。
10月9日，韩能照会刘麟祥，转达巴山号代理公司天祥行意见，其表示将一定向中国索赔，领事馆亦将“力助”。刘麟祥在答复中断然予以拒绝，“本道不能认巴山轮船为中国违例扣留，中国亦不能担任该船东及船货因扣留查验以致现在或将来已手或将受亏损等情。”
巴山号上舱运送到上海的货清卸完毕，发往日本的货物已经露了出来，但此时，江海关洋税司贺璧理（AlfredEdwardHippisley）却另生枝节。
贺璧理是英国人，1867年就进入中国海关，任职达40年之久，是晚清有名的“业余外交家”之一，后来曾协助美国在对华战略上提出门户开放政策，《辛丑条约》谈判中也竭力斡旋削减中国的赔款，
贺璧理发文称，发往日本的货物只要查验在美国装船时填写的货单就可以了，因为该船在7月28日离开纽约时，中日尚未宣战，即使有军火，货单上也不会隐瞒。只查验货单，就可以加快进度，以免耽误时间长了导致索赔数量增加。其实，既然如此，从台湾到上海又何必兴师动众地要查验货物等，货单早在南琛舰截停之时就已验看，正是因为有可疑之处才开始搜查。而且，尚未宣战并不意味着不会填写假货单，对日本人来说早已明白中日必有一战，为慎重起见亦完全可能提前准备。
刘麟祥回函表示仍要细细盘查。贺璧理说，总税务司也下令细查，但并没有说明是否“须将每包每件逐一开看”，所以要再请示。这几乎是在强词夺理了。贺璧理另外找出一个新理由说，如果真有军火，那必然是直接运往日本，岂能先来中国。如果地方官一定要开验，必须有正式文件。
经请示后，总税务司采纳了贺璧理的建议，只需英国领事馆出具保函，说明巴山号实无日本军火，就可以停验放行。英国总领事韩能则答复税司说，中国扣押该船本在情理之外，现在中国是否想放行，和总领事馆原没有任何关系，不应出具什么文书，但我们愿意就此了断此事，中国也应就该船被扣的损失进行赔偿。
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