船长拒绝道：“煤不够烧，不能驶往台湾。”
帮带说：“你们船上的煤既然能保证开往上海和日本，这里到台湾只有300多里，怎么到台湾反而不够烧呢？”
船长等无话可说，同意去台湾。
洋人把持的海关态度摇摆
次日（9月21日，八月廿二）晨4：40时，三船一同出发，斯美号在前先行，南琛舰押着巴山号在后。下午4点，船到基隆，停于口外，报告邵友濂。
邵友濂得讯后，立即电告淡水海关税务司马士（HoseaBallouMorse），请其命令基隆海关的洋关员前往调查，最好马士本人亦能亲临。马士于9月22日回电，称已命令基隆海关办理，并建议邵友濂速将消息通知英国领事，邵友濂照办。
马士其人，是西方赫赫有名的汉学家，其著作《中华帝国对外关系史》（TheInternationalRelationsoftheChineseEmpire）及《中朝制度考》(TheTradeandAdministrationoftheChineseEmpire)等均为西方汉学经典。尤其在中国的经济研究中，马士有颇多建树，如其首先提出侨汇在中国财政金融体系中的重要作用，一举解决困扰经济学界多年的晚清国际收支平衡问题。
马士是美国人，这在当时为英国人把持的中国海关中比较少见。他从哈佛大学一毕业即考入中国海关，其时年仅19岁。随后担任德璀琳的秘书，中法战争期间亲赴台湾交换战俘，有功获颁清廷的“三等第二宝星”勋章，深受李鸿章欣赏。
1892年开始，他以副税务司衔署淡水关税务司，见证并参与了甲午战争在台湾的全过程，并对台湾被割让给日本后的抗日运动进行了详细的记录。甲午战后，台湾官民抵抗割让，成立了台湾民主国，奉巡抚唐景崧为总统。尽管与唐关系不错，但马士拒绝将大清的黄龙旗换成台湾民主国的虎旗，坚持到办理完交割手续。因此，中国不少研究者责其“媚日”，其实他恰恰是在严格遵守职业操守，履行中国政府办理割让手续的命令。马士前后写给赫德的书信，成为研究这段历史的重要文献。
清廷官员和在台外国人的最后撤离，还多亏了马士的斡旋。当时，日军已在基隆登陆，淡水成为撤退通道，拥挤在该地区的清军士兵，因不满于欠饷，炮击并封锁航道，将撤退西方人和中国官员的最后一艘英国商船雅打号（Arthur）困住。随船内渡的海关银号人员，将所携带3万两现银交出，清军仍不放行。马士只好出面谈判，确定再加5000元“买路费”。他大胆决策，打破历来由海关银号而非税务司征税的惯例，靠向过往船只征税凑齐了该款。同时，为了确保清军炮台不“违约开炮”，他要求以该笔“买路费”换取所有大炮的撞针，终于掩护雅打号离台。但淡水炮台的大炮却因此而完全失去作用。1907年，在上海担任造册处税务司的马士，接待了来访的美国陆军部长塔夫脱(W.H.Taft)，两人建立了密切的关系。2年后塔夫脱获选总统，力邀马士出任驻华公使，被其以健康理由婉拒。
9月23日，马士致电邵友濂，表示如要查找军火，即不得不将货物逐件查验。但巴山号是满载之船，除了旧铁5000多担外，另有货物10000多件。发往日本的货才数百件，且因该船计划先到上海再到日本，因此发往日本的货都在舱底，如果要查，必须把上面发往上海的所有货物清卸干净。基隆码头太小，又没有足够的驳船和栈房，因此查验十分困难。该船的确舱深货重，口外风浪又大，搜查难以得手，查了3天了都没能检查完一个舱。
马士建议，应命船长写下保证，限2个月内在上海将货单上列明的军火交出，否则就罚银1000元。如果担心还有别的军火，可以派遣斯美官轮随行，并由海军人员在巴山号上监视，押送到上海。到沪后把货卸完，即可将运往日本的货物逐件检查。
马士认为不必在台湾长久扣留巴山号，以免其要求赔偿。而至于船上的铁路物料，因日本铁路为国有，此不算商家货物，可在船到上海后请律师查核后予以没收。
同日，英国领事也会见了巴山船长，船长要求向中国方面转告：该船到上海已经延误，如不电告其船主，担心保险费会额外增加到40000英镑。该领事据此向中国施压，甚至表示担心船长会因情急而自尽。
英国船长居然封舱拒检
9月26日，傲慢的英国船长居然下令将舱门封闭，拒绝检查。这在对等的主权国家之间，在面对一国的武装力量强制检查的时候，是不可思议的事情。由此亦可见堂堂大清帝国海军的尊严。
邵友濂此时接到总理衙门指示，要求彻底查清巴山号是否另有军火。于是，请英国领事将船长、大副等人带离该船，巴山号则开入港口。马士亦同意此措施，并表示：“该船既有违禁之物，即应按照西方惯例派员审断，领事和税司一同观审。”但英国驻台湾领事以英国公使已经下令取保赴沪为借口，坚决不予配合。
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