正当起义军不断发展进攻之际，形势发生了较大变化。首先，太平天国经过1856年内讧以后，元气大伤，使清政府得以腾出较多的力量去镇压各地各族人民的起义。正是在这种情况下，湖南巡抚骆秉章应劳崇光的请求，派候选知府蒋益澧率湘军一千六百人，段莹器率祁勇一千人，江忠浚率楚勇千余人，共三千六百余人，在蒋益澧统一指挥下，于1857年6月中旬进入广西，配合广西清军进攻正在威胁桂林的陈永秀、黄金亮起义军，9月占领了全州、兴安、灵川等县，进入桂林城。陈永秀、黄金亮部被迫转移，分别参加了活动于粤、桂边的陈金刚部和柳州的李文茂部。其次，起义军占领梧州后，广东当局加紧添制和改造战船，抽调部队，雇募壮勇，积极进行收复梧州、浔州的准备。再次，南宁城于1857年10月3日，竟被色克精阿等纠集的数千团练所攻占，梁、区仓促率部东撤，退入灵山（后来梁、区发生内讧，梁昌在合浦被团练所擒，区润被其部下杀害）。由于上述种种不利情况，大成国起义军被迫由进攻转入防御，逐渐丧失了战场上的主动权，以致形势急转直下，开始由胜利走向失败。

　　（一）会攻桂林计划落空

　　1857年12月，当蒋益澧所率湘军在平乐、贺县一带进攻陈金刚、陈永秀起义军时，陈开、李文茂没有主动支援，而是准备以陈开为东路、李文茂为西路，会攻桂林。

　　1858年1月，李文茂由柳州率部北上，占领永福。2月，李文茂率万余人进驻桂林西南六十里的苏桥镇，并在此等待沿桂江北上的陈开部的到来。可是，当陈开部于4月抵达平乐县时，由昆寿指挥的粤军已由肇庆向梧州开进。5月，陈开部遭到已经占领平乐的湘军的攻击，前进受阻。梧州是两广咽喉要地，粤军一旦攻占梧州，西进则可直接威胁浔州，北上则可与湘军夹击正在平乐一带的陈开部主力。陈开在北进受阻、梧州告急的情况下，立即率部南返，保卫梧州。这样，进攻桂林的任务完全落到了李文茂所部身上。

　　当李文茂屯兵苏桥，威胁桂林的时候，蒋益澧所率湘军虽已增至五千余人，但兵力分散，桂林仅有二千余人。为防止李文茂部进攻，蒋采取不时调换部队防地、布设疑兵的办法，迷惑对方。并由右江道张凯嵩纠集团练进攻庆远，牵制李部。李文茂未作周密侦察，不知湘军的虚实，结果万余人长期滞留苏桥，不敢进攻，丧失了打击湘军和地方团练的有利时机。陈开率部南返后，蒋益澧便命令驻平乐的湘军折回桂林，并秘密调动一千五百人绕到苏桥后面，于1858年5月下旬开始对李文茂部实行前后夹击。李文茂不幸负伤，便率部撤出苏桥，后退守柳州。起义军进攻桂林的计划宣告失败。

　　（二）梧州失守

　　当李文茂与湘军作战失利，向柳州撤退时，在梧州与粤军作战的起义军也节节败退。

　　此次进攻梧州的粤军，由广东巡抚江国霖和提督昆寿亲自编组。他们认为，过去几次作战失利，主要是“选勇未精，配船无法”，以及进攻时机选择不当，必待“西水未涨，东风当令之时，水陆并进，步步为营，方能得手”①。据此，他们得到署理两广总督柏贵同意后，抽调外海、内河水师，根据战船大小、火炮轻重、行驶快慢，分别编为前、中、后三队。即以能装载四五千斤火炮的红单等大型船六七十只为前队，能装载二三千斤火炮、桨多人众，转棹方便的扒船五十只为中队，能装载一千斤火炮、行驶快速的湖南麻阳舢板船一百只为后队。前队主要发挥火炮射程远的优势，便于先发制人；中队既可掩护前队，又便于进退；后队可以在前队、中队的炮火掩护下，迅速接近对方，实行近战。陆路方面，兵力增至一万余人，一半掩护水师溯江前进，一半专门进攻陆上起义军的据点。此外，还督令沿江各县团练于西江两岸配合作战。部署就绪后，粤军于4月19日趁江水尚未大涨、水流较缓之际，由昆寿统一指挥，从肇庆西上，往攻梧州。

　　起义军对粤军的兵力和进攻部署缺乏了解和研究，仍然袭用过去的老办法，在封川江面集中战船二三百只，于4月29日顺流下驶，直冲敌阵。当驶至德庆的春牛坪江面时，预有准备的广东水师前队首先发炮，击沉起义军前队战船数只。起义军水军右营安国公李发、先锋李明中炮牺牲。这时，粤军水师中队扒船向两翼展开，后队麻阳舢板船在炮火掩护下迅速接近起义军战船，枪炮齐放，岸上的兵勇也配合作战。经过激战，起义军不少战船被击沉、击伤，人员伤亡也不断增加。在危急情况下，起义军自焚战船十余只，利用烟雾掩护，转棹撤回封川江面。起义军在封川添筑炮台，并由梧州增兵四五千人，准备堵击粤军；还联络广宁、怀集等地起义军南下抄袭粤军后路，进行牵制。但水、陆部队不久即被敌击败，广东水师扬帆直驶梧州。5月30日晨，起义军的主要据点戎墟被苍梧、西宁的数千名团练攻占。梧州城守军面临两面受敌的不利形势，遂于30日深夜撤至城外。粤军占领梧州后，便停止了追击。

　　（三）柳州陷落

　　蒋益澧所部湘军在苏桥击败李文茂部后，便乘胜向柳州逼进。李文茂派其弟李文辉率部扼守白沙江口，扎竹为筏，横锁江中。白沙江口是洛清江和柳江的汇合处，李文茂以为守住这一咽喉要地，湘军水师便难于攻取柳州。然而，蒋益澧事先摸清了李文茂的防御部署，湘军由桂林乘坐麻阳船驶抵雒容（今鹿寨西南）后，不再下驶，而是于夜间拖船上岸，由陆路抬运至柳州城附近的洛垢下水，出其不意地直逼柳州。1858年6月24日，李文茂以为白沙江口已经失守，便慌忙从柳州撤退。蒋益澧占领柳州后，立即分兵两路，一路追击李文茂，一路进攻李文辉。驻守白沙江口的李文辉部因孤立无援，大部溃散。李文茂部先后在柳城、融县反击湘军失利，便转入贵州东南部，与苗民起义军配合作战。8月，在围攻黎平失败后，旋又折回广西融县一带。11月，李文茂不幸病故于怀远（今融安北）山中，余部由陈戊养统领，仍归陈开指挥。

　　柳州、梧州之所以失守，除了清军兵力增加这一原因外，主要由于起义军由一味进攻而被迫转入防御作战，丧失了措置裕如的能力。李文茂从苏桥撤退后，在兵力上仍占有优势，如果沉着冷静，集中力量对南进之敌进行一二次歼灭战，仍然有可能变被动为主动。陈开部在梧州方向的作战中，在兵力上也占有相对优势，同样由于事先缺乏防御准备，对粤军的进犯虽然进行了节节抗击，但因仓促应战，以致难于阻止准备比较充分的敌人的进攻。