公元1791年（乾隆五十六年），廓尔喀人大举侵入西藏，清政府派兵退敌之后，鉴开西藏各项制度一向废驰，弊端很多，大小官吏贪污、舞弊现象更是普遍，决定大力整顿西藏地方吏治。乾隆帝指示福康安：“必当妥立章程，以?期永远遵循。”于是福康安会同西藏地方政府，共同议拟了条例，1793年经清?中央政府批准，正式颁行了著名的《钦定藏内善后章程二十九条》（原件系统?藏文，现存自治区档案馆）。章程第一条就规定：关于寻找活佛灵童事宜。经各方认真考查，并问卜于四大护法神之后，将在御赐金瓶内放入拟认定为灵童者名字及出生年月的签牌，选派学识渊博的喇嘛，祈祷七日后，由众呼图克图会同驻藏大臣于释迦牟尼像前认定。又若四位护法神认识一致，则将一有灵童名字之签牌同一无名签牌一并放入瓶内，若抽出无名签牌，便不能认定之，需另外寻找。再者，认定达赖、班禅灵童时，须将其名以满、汉、藏三体文字书于签牌，如此则可取信于天下民众。
　　
　　这里把宗教程序、认定手续规定得清清楚楚。此后，活佛转世，均首先按?照宗教仪轨，由有关寺院和地方政府寻访灵童，再对访到的众多灵童逐一筛选，最后确定三个或三个以下人选，将灵童人选的灵异等情况如实禀报皇帝，请求准予“金瓶掣签”认定，经皇帝恩准后，才能择日在释迦牟尼像前进行掣签，认定其中一人为转世灵童。掣签由驻藏大臣主持并抽签，抽到后，驻藏大臣立即上奏皇帝，请求任命，获得皇帝恩准后，认定手续才算完成。这就是历史上形成的金瓶掣签制度，一直延续至今。
　　
　　金瓶掣签制度形成以后，十、十一、十二世达赖及八、九世班禅都是经中央政府批准通过金瓶掣签后认定的。但也有在特殊的情况下，经中央政府特许而免于掣签的。九世、十三世、十四世达赖喇嘛的认定就是经中央政府特许后崐免于金瓶掣签的。但无论其情况如何特殊，要免于掣签的前提都是必须经中央政府特许，其他任何人均无权决定。这是免于金瓶掣签的唯一前提。
　　
　　内容选自李瑞环同志在班禅转世灵童寻访领导小组第三次会议上的讲话（摘要）（一九九五年十一月十日）