粟裕就任第二副总长时，总参谋长徐向前因病在治疗休养，由第一副总参谋长聂荣臻代总参谋长。1952年7月，彭德怀接替周恩来主持中央军委日常工作。粟裕先后在聂、彭二帅领导下，工作上难免发生碰撞。例如：
1952年7月，聂荣臻任代总长时，对呈送毛泽东和中共中央的文件有所控制。据时任总参作战部部长张震回忆说：“聂总说：毛主席他们管的事多、太忙了。你们的东西事无巨细地都报上去不好，以后报到我这里就行了，需要毛主席他们知道的由我批后转报。从那以后，我们送到毛主席，刘少奇同志、朱老总那里的东西就少了。后来毛主席召开会，把几个老帅都找去，我也被叫去。毛主席对我说，早先还见得着你们作战部的报告，后来也看不到了，现在党政民系统的东西一大桌菜吃不完，军事系统就没有吃的，干饿” 。毛泽东批评后，粟裕认为向毛泽东反映情况少，自己也是有责任的。因刚到总参谋部工作时，毛泽东就规定粟裕每半月向他直接汇报一次工作。粟裕起先是按规定执行了的，聂代总长有了以上交代后，执行就不够坚决了。同时粟裕认为，自己是副总长，作为总参领导人之一也应该承担一定责任，便也向毛泽东作了书面检讨，检讨了未按毛泽东要求每半月报告一次情况的错误，并且说虽然毛泽东没有指名批评他，但对他教育很大。不料毛泽东在他的检讨上作了批示，不但写上“此种检讨很好”，而且把粟裕和聂荣臻的工作做了对比，肯定了粟裕半年来的工作，对聂又作了批评。 此事，引起了聂荣臻的很大误解。
彭德怀主持军委日常工作后，粟与彭在对未来战争的认识和战争准备问题上，存有分歧，有时粟还与彭据理力争。 1954年第一届全国人民代表大会决定在国务院设立国防部，为了体现国防部的领导，许多原来由中央军委和总部颁发的命令、指示，都要求改由国防部署名。但哪些文件以国防部的名义发，哪些不用，又无明确规定。总参为中央军委起草的和总参下发的命令、文电，常常因署名问题受到批评。文件有时没有署国防部的名受批评，有时署了也受批评。为此粟裕提过希望加以明确的意见，以便在日常工作中有所遵循。1955年3月16日中央军委会议决定，责成总参起草国防部与总参职责条例。
因以上这些问题，在1958年5月26日的中共中央军委预备会议（亦称小型会议）上，军委责成粟裕就所谓“总参与国防部关系”等问题作检讨。27日，军委扩大会议正式开幕后，会上就所谓“总参与国防部关系”问题，强加给粟裕“一贯反领导”、“向国防部要权”、“告洋状”等罪名 。迫使粟裕在会上进行检讨。
批粟裕，毛泽东最初是表示支持的。5月30日，军委秘书长黄克诚传达毛泽东的指示：“把火线扯开，挑起战来，以便更好地解决问题” 。彭德怀在会上说：朱可夫事件就暴露了苏军在这方面的弱点（不少地方违背列宁建军原则）……。苏联那一套大都为了巩固“一长制”。我们虽然实行党委领导下的分工负责制，没有抄袭他们的“一长制”，但还是有些东西照搬了。我们所以要严肃地批判教条主义，就是为了把我军优良传统牢固地传下去。不然的话，当我们这批老的骨干逐渐死去以后，我军就可能有像匈牙利军队那样变质垮台的危险。
于是，会议从6月7日起，扩大到全军军以上单位和部分师级单位的主要领导干部，人员增加到1400多人。大会的主持者，既不顾历史的基本事实，也不愿听粟裕的说明，批判粟裕的调门一再升温。
但是，粟裕终究不是毛泽东预先设定要整的对象。有一次毛泽东找萧劲光谈话，问萧对粟裕的看法。萧劲光说：“粟裕同志为人正派，没有二心，是好人。”毛点头表示赞同。就在粟裕第二次在大会作检讨之前，毛泽东为粟裕说了一段话：“粟裕同志战争年代打仗打得好，是为公的。到北京以后是为公还是为私？不能说都是为私吧！请大家来判断。”
7月14日，粟裕在大会上作第二次检讨，把别人强加的罪名，差不多都认了下来，才算基本过关。8月31日，中共中央政治局会议决定：“解除粟裕总参谋长职务”，并决定将他的“错误”口头传达到军队团一级、地方地委一级。 1960年1月，毛泽东在上海举行的中共中央政治局扩大会议上，当面对粟裕说：粟裕呀，你的事可不能怪我呀！那是他们那个千人大会上搞的。
这次军委扩大会议，后来转向了反对教条主义，刘伯承、萧克等成了批判的重点，但也很难说，实现了毛泽东年初要军队吸取朱可夫事件教训的初衷。因为刘、萧两人只主管军队的训练工作，并不掌军队的指挥大权。黄克诚后来回顾1958年这次会议说：
这次会议，实际是中央领导军委整风，为彭德怀始料不及。我们未能领会中央精神，所以主持会议显得很被动。这可能是：毛主席在匈牙利事件之后，开始担心我军领导出问题。也许这就是庐山会议的先兆。
1958年“大跃进”和人民公社化运动受到重挫。在毛泽东强调要压缩空气的背景下，党内对这一严重错误的认识差距很大。
彭德怀在1958年冬中共八届六中全会以后，曾回湖南调查，先到湘潭县的乌石（彭的故乡）、韶山，后到平江。了解到粮食没有收好，而上报数字高得吓人。一位伤残的老红军悄悄给他一张纸条，上面写着：“谷撒地，薯叶枯，青壮炼铁去，收禾童与姑。来年日子怎么过？请为人民鼓咙胡。” 1959年4月，彭德怀出国访问，6月13日回国。第二天，黄克诚向他谈了山东、甘肃等省出现粮荒的严重情况。彭德怀曾向人感叹说：匈牙利人均每年吃40公斤肉，还出了匈牙利事件。要不是中国工人农民好，党中央、毛主席威信高，也会发生“匈牙利事件”。
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