１９４５年，陈光在延安出席党的“七大”，并成为代表资格审查委员会委员。生性率直的他在出席七大代表的人选问题上，提出了一些不同看法，于情于理，皆不为过。不料，此举引来轩然大波，有人以“陈光欲抵制党代会”为由，直接上书毛泽东，指斥其有“反党行为”。这也成为后来陈光蒙冤的又一罪状。
毛泽东对这位井冈山会师时的连长毕竟是了解的。他经过调查，当即给陈光回了封信，称：“你的意见我是了解的。有些意见是对的。你在山东执行的路线是对的。‘七大’要开成一个团结的大会，胜利的大会，相信你能致力于开好这次大会。敁意见可以会后交换。”陈光接信，释然于怀，并将书信一直珍藏在贴身衣袋里。七大以后，毛泽东果然践诺，特地邀请陈光和夫人史瑞楚一道来家中作客，同他们进行了亲切交谈。毛泽东对陈光参加革命以来所作出的贡献给予了高度评价，并对以后的工作进行了很多指示和嘱托。
当时的延安审查小组经过全面考核，在陈光的《历史总结》中作了如下评述：“陈光是我军有数的军事人才之一，他一贯忠心耿耿，具有为党为阶级虚心学习，联络群众的优良品质。”“抗日战争中，陈光率１１５师转战华北，１９３９年进入山东，创造了梁山歼灭战、陆房突围等有名的战役，使我党我军威名远扬，鲁苏局面大开，根据地建立。”
所谓的“扣压电台”事件
１９４５年８月，抗战胜利后，东北成为国共双方瞩目的焦点。根据中共中央决定，林彪、陈云、彭真等率１０万余干部昼夜兼程赶往东北，罗荣桓与黄克诚分率山东八路军、苏皖新四军齐头并进。陈光原本回山东，由于形势的变化，也和林彪一道赶赴东北。１０月，陈光在与罗荣桓及老部队会合后，中共东北局决定，在黑山、北镇一带设置第二道防线，交由陈光负责指挥。出于战略需要，罗荣桓当即把从山东带来的一部电台和机要人员交与陈光使用。
约两月后，林彪带领东北民主联军指挥所出关撤往阜新。此时，国民党部队已进占锦州、沟帮子一域，恶战一触即发，情急之中，林彪得知陈光处有部大功率电台，连忙致电陈光，要求调电台和机要人员火速赶往阜新。陈光考虑没有电台无法进行联络、指挥，况且林彪部已有两台大功率日制电台，当即回电希望不要调走电台。林彪则两度来电继续催调，并严辞责问陈光扣压电台，妨碍其指挥作战。见此情况，陈光忙抽调出电台及机要人员，准备送往林彪处。不料，锦州之敌大举进犯陈光部，仓促撤退之际，陈光只得带走电台及机要人员。电台就此无法上交。随后，性格内敛、含而不露的林彪多次在公开场合指斥陈光“无理霸占电台，抗命不交”。
在东北数年，在林彪、罗荣桓节制下，陈光参与指挥攻打长春、拉法、新站等战斗。担任过东北民主联军六纵司令员、松江军区司令员等职，率部参加了三下江南战役，参与指挥焦家岭、城子予、德惠等战斗。１９４９年初，陈光担任了第四野战军的副参谋长。３月进驻北平时，林彪在防止居功骄傲的会上，既未征得东北局同意，更未得到罗荣桓首肯，再次点名批评了陈光。
随军南下，广州蒙冤
由于两人之间的微妙关系，陈、林矛盾达到了白热化。１９４９年５月，陈光随第四野战军司令部抵达武汉。次年１月，被任命为广东军区副司令员兼广州警备区司令员。元旦节时，陈光撇下妻儿径赴广州上任。对于陈光新的也是最后一次的履新，其夫人史瑞楚对笔者这样说：“陈光自从在北京的防止居功骄傲的会上受到点名批评后，情绪一度低落。到了武汉，心情方才好转。接到新的任命后，他愉快地赴广州上任了。但是，对于新环境、新任务的艰巨性和复杂性却缺乏应有的认识和必要的思想准备。”
陈光到职后，在当时的华南分局第一书记、广东军区司令员兼政委叶剑英的领导下，负责剿匪肃特、维护社会治安、稳定市场物价等多方面的工作。广州紧邻港澳及海外，是新中国的南方前哨，百废待兴。与许多枪林弹雨中厮杀过来的战友一样，陈光遇到了人生的新课题，缺少对城市管理建设的经验。当时，中央明确规定，在港、澳、台做情报工作，有一套严格的程序和高度的纪律，结果陈光在掌握政策时，表现得主观、简单和不够审慎，以致出现一些较大的错误。同时，他从局部利益出发，在老家宜章违反干部政策和一些规定，将烈士子弟和知识青年招来广州，办起了训练班。
对于这些错误，组织上发觉后，叶剑英亲自出面找他谈话，劝他认识和改正错误。但是由于性格的原因，加之组织上对其错误有些不实和夸大，陈光产生了严重的对立情绪。据其夫人史瑞楚介绍：“陈光在组织上找他谈话时，表现得不冷静。他一听那些错误有些不实和夸大，情绪立刻波动起来。本来，叶帅找他谈话时，两人还握手问候，气氛是融洽的，但到后来，两人争吵起来，甚至还拍了桌子，谈话只得不欢而散。后来，在广东军区党委的组织生活会上，大家就其错误继续开展批评，结果陈光又因上述原因，再次发了脾气。叶帅当时说‘陈光，你是党的高级干部，又是老同志，总要讲点组织原则吧。’陈光说，‘无原则的批评我就是不能接受。’双方都不让步。”
鉴于陈光的错误和抵触的态度，中南军区报请中央后，给予他开除党籍的处分。１９５０年７月２３日，陈光受到更为严厉的处理。这天一大早，原１１５师作战科长、陈光的老部下、时任广东军区参谋长的李作鹏，邀约他赴广州荔枝湖游玩。陈光很开心。两人在湖中泛舟，还搞了野餐，颇为尽兴。但是待到下午归来时，陈光大吃一惊，只见其达道路的住所已戒备森严，跟随他多年的老炊事员含泪望着他，四周则站满了他不认识的战士。警卫全部撤走，查抄了住所，在二楼的房间里，李作鹏尴尬地望了望他，然后朝保卫部部长呶了呶嘴。保卫部长便捧出上级的电令，宣布他已被撤销广东军区副司令兼广州警备司令的职务，旋即将他软禁起来。
实际上，对陈光的处理意见已在７月２２日晚由中南军区电告了广东军区，鉴于陈光性格刚烈，又是战功卓著的老同志，电文强调尽量做到不扩散，具体实施由广东军区党委安排，采取先撤换警卫，再行就地软禁的办法。但是怎样实施呢？广东军区连夜召开党委常委会（未通知陈光参加），由叶帅主持，拟了几套方案，都未获认同，最后李作鹏自告奋勇提出了邀陈光游湖、再派人查抄住所的办法。客观上讲，李作鹏提出这个建议，一是基于多年的战友情谊，希望在老战友被打入“另册”前，能够开开心，叙叙旧；二也是执行上级尽量不扩散的指示。作为参谋长，这是他的分内之事，不能因为后来的蜕变而在这件事上指斥他。
陈光被软禁后，据当时看守陈光的保卫干事王大述回忆：“我带一个警卫班负责对他进行监护。陈光在二楼听到对自己的处理意见后，情绪很激动。因执行者都是他的老部下，不便作什么解释。开始几天，他饭量很小，常常大发脾气。我职务低，只负责看守，便对他说，首长，你的问题我们不了解，领导派我们来，有三条任务，一是保卫你安全，二是照顾你生活，三是限制你自由，不能下二楼。你有意见可以向组织反映，但不能老发脾气，不吃饭，这样会影响健康的。”
陈光连连摇头，两行清泪挂满腮边，盛怒中他掏出珍藏在贴身衣袋里的毛泽东１９４５年写给他的信，气愤地说：“有人陷害我，毛主席了解我，信任我，我要见毛主席。”说完，把信递给了王大述。王大述看完那封信，叹口气劝道：“首长，你不要着急，事情会搞清楚的，你可以向毛主席反映情况嘛。”陈光点点头，情绪才稍稍稳定下来。
对于陈光问题的处理，最后的决定权在中央。当时，中央是根据中南军区、华南分局、广东军区的报告处理意见为依据的。解放初，一切尽在草创阶段，不可能像今天有一套严格、完整的监察、纪检系统，对于党内干部的处理，基本上沿用战争年代的办法，这样难免会轻率、粗疏；同时，由于性格原因，陈光与一些同志尤其是主管军队方面的个别元戎、战将有些积怨；犯了错误后，陈光又与组织上有严重的对立抵触情绪。自然，各种因素纠合在一起，这种处理就显得不足为奇了。
病殁武汉，３０余年后终获平反
这年１０月，抗美援朝战端开启。不知出于什么原因，陈光在王大述和其他警卫人员的护送下，被转送武汉，软禁在中南军区的一座二层小楼里。期间，中南军区不少旧部以各种方式探望过他，由昔日功臣沦为今日的楚囚，陈光百感交集，情何以堪？在以后长达３年半的时间里，他一直被监禁于此，从来没有离开过二楼。
对于他的错误，显然是夸大了。尽管当时的中南局、中南军区先后派苏静、刘兴元、梁必业找他谈话，劝他认识错误，但陈光认为，“当年的陆房突围，七大代表的审定，无故扣压电台，对港澳台情报工作以及私自招收宜章子弟开设训练班”等主要错误，与事实有较大出入，处理得极不公正；他还认为，林彪出于历史过节，刻意加害他，因而拒绝接受组织对他的处理。事情就这样拖了下来。
１９５４年６月７日，陈光在那栋２层小楼里，含冤去世，终年４９岁。此前，他已有精神病征兆出现。不过，关于其死因，至今仍未解密。一切归尘土，是非却待后人说。陈光逝去一年后，其夫人史瑞楚带上两个儿子改随母姓，悄然隐居于北京。如今，两个儿子学有所成，多不愿提及父亲的悲剧。
３０多年后，在纪念长征五十周年之际，熟知陈光的人，包括罗荣桓元帅的夫人林月琴在内的１０余老同志，联名上书陈云，希望重新公正处理陈光的问题。１９８７年，中纪委、中组部、军纪委和总政组成联合调查组，经过认真细致的审查，实事求是地认定其解放初所犯错误纯属人民内部矛盾，受到了林彪的诬陷和打击，以致长期非法监禁和错误处理。１９８８年４月，经中央中央批准，撤销了强加于陈光头上的“反党”结论，恢复他的党藉和名誉。此时，距陈光蒙冤去世已是整整３４年
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