1941年1月，叶飞任新四军第一师副师长，兼第一旅旅长和政委，率领一旅指战员在敌后英勇作战，积极主动进攻，牵制、调动敌人，粉碎了日军对苏中根据地的多次“扫荡”。后又担任中共苏中三地委书记兼分区政委，发动群众包围据点，抗捐抗粮，及时有力地打击了敌人。指挥部队参加了车桥、天目山战役。在车桥战役中，歼灭日伪军1600多人，打了一个大歼灭战，从此，华中敌后战场开始转入反攻。1945年，叶飞任苏浙军区副司令员。
四
抗日战争胜利后，叶飞任新四军第一纵队司令员。1946年1月任山东野战军第一纵队司令员，率部攻克了泰安。同年12月，率部参加了宿北战役，歼敌2.4万余人，开创了解放战争开始以来，全歼敌一个整编师的战例。1947年初，指挥所部参加了鲁南战役，并取得胜利。整个战役共歼敌两个整编师、一个快速纵队计5.3万余人，缴获坦克24辆、汽车470余辆、各种火炮200余门，为华野组建特种兵部队提供了物质基础。
鲁南战役后，山东野战军与华中野战军合并为华东野战军，叶飞任第一纵队司令员兼政委。在莱芜战役中，指挥部队紧钳国民党军第二绥靖区副司令李仙州总部及七十三军、四十六军于我包围之中。经3昼夜激战，给予两军主力以惨重杀伤，使敌军丧失斗志，仓皇突围溃窜，奠定了莱芜战役胜利的基础。
在孟良崮战役中，叶飞率部在非常疲劳的情况下，发扬连续作战的精神，迂回攻击敌人，还承担了孟良崮总攻战斗的指挥任务，全歼国民党军整编七十四师，使进犯鲁中的敌人全线溃退。
淮海战役期间，由于患严重的黑热病，叶飞不得不到济南治疗休养。病愈后，任第三野战军第十兵团司令员，参加了渡江战役。战斗中，十兵团担负了突破敌人主要防守地段的任务。为了掌握战场情况，实施强有力的指挥，叶飞不仅直接指挥第一梯队军，而且一直跑到第一梯队师的位置，担任先头军军长的角色。
上海战役中，叶飞指挥部队在正面进攻受阻，实施翼侧穿插亦不能得手的情况下，采用近迫作业攻坚战术，逐渐、逐点攻击的方法，取得了胜利。
在解放福州战役中，叶飞指挥十兵团的三路军，密切配合协同，共歼国民党军1个兵团部、5个军部、14个师计5万余人，而我军伤亡不足500人。在漳厦战役中，叶飞在1个月的时间内，指挥所部共歼国民党军1个兵团部、1个要塞司令部、2个军部、7个师及其他部队，共5.1万余人。
中华人民共和国成立后，叶飞历任福建军区司令员、中共福建省委副书记、第二书记、福建人民政府副主席、福建省省长、中共中央华东局书记处书记、南京军区副司令员兼福建省军区司令员、第一政治委员、福州军区司令员兼政治委员、中共福建省委第一书记、福建省政协主席。
1975年，叶飞任中华人民共和国交通部部长，党组书记。1979年任中国人民解放军海军第一政委、1980年任海军司令员。是中华人民共和国第一、二、三届国防委员会委员，中国共产党第八届中央委员会候补委员、委员，第十届中央委员会候补委员。第十一、十二届中央委员会委员，第六、七届全国人民代表大会常务委员会副委员长。
叶飞1955年被授予上将军衔，荣获一级八一勋章、一级独立自由勋章、一级解放勋章。1988年7月荣获一级红星功勋荣誉章。
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