1930年6月，李立三提出把中心城市的武装暴动当作中国革胜负的关键，并制定了组织全国中心城市武装起义和集中全国红军攻打中心城市的冒险计划。这一计划传达到红三军团，当时上上下下，无不群情振奋，踊跃响应。
黄克诚听到传达以后，却有另外一种心情。他从南昌起义后的斗争实践中体会到，单靠打几座城市求发展，是不可能持久的，只有像毛泽东那样在农村建立革命根据地，方可逐步发展壮大红军和革命力量，进而夺取一些城市。想到这里，他给军团长彭德怀写了一封信，陈述了现在不能去攻打大城市的理由。
1930年7月，红三军团攻进岳州城（即今岳阳市），未及停留，乘胜向东扑向平江，守敌弃城逃走。一些同志提出按中央部署，暴动夺取长沙、武汉的主张。黄克诚在会上发表了反对攻打大城市的意见，和会上多数同志唱了反调。他强调说，目前我们根本不具备夺取长沙、武汉的条件；而只能采取游击军事行动，设法把长沙守敌引到城外歼灭之，若打胜了可相机占领长沙，用此种做法来达到扩大政治影响和扩军筹款之目的。
黄克诚讲了上述意见后，立即遭到与会同志的严厉批评，说这是严重的右倾机会主义。有关领导认为黄克诚的思想状态已不适合担任重要领导工作，就撤销了调黄克诚担任纵队政治委员的任命，决定让他继续在支队工作。
平江会议刚结束，长沙守敌何键所部就逼近平江。彭德怀得知这一情况后，立即把主力移到平江南二十里之晋坑就敌。我军将敌击溃后，继续追击到长沙城外。敌人以为我难攻长沙，就派出一支部队向城外出击，待其出城不久，红八军即迂回到其侧翼，将该敌大部歼灭，残敌掉头向城里逃跑，我军紧追不舍，尾敌猛追入城。经过激烈战斗，我军随即占领长沙。这就是我军第一次打长沙，时间为1930年7月28日。
部队撤离长沙后，8月间到长寿街进行整编。由于黄克诚多次直言不讳，发表了不同意见，被认为“右倾”，就调他到第八军四师三团任政治委员。
1931年苏区肃反扩大化时，黄克诚先是对上级指示深信不疑，在部队中也扩大化地进行了肃反，错捕、错杀了一些党员和干部。但是随着第三师政治部几个他非常了解的好干部也被当做AB团抓捕，他很快觉得这样做是错误的，即转而抵制肃反委员会的工作，保护了一些干部。由于他曾气愤地指责肃反委员会滥杀无辜，错捕错杀好同志，并同他们大吵了一通，肃反委员会就怀疑他有问题，说他是AB团分子，于是决定把他抓起来进行“审查”。彭德怀知道后出面干预，责问为什么把黄克诚抓起来？肃反委员会当然拿不出他是AB团的证据，就说他是右倾机会主义分子。彭德怀说，如真是右倾机会主义分子可以批判斗争嘛！怎么能用抓捕办法处理呢？这样，黄克诚才被释放出来。
1932年初，中共临时中央提出集中主力红军夺取中心城市的冒险主义方针，并指示红一方面军“首取赣州”。对此，黄克诚很不赞成，他先直截了当地向上级建议取消打赣州的计划，没有被采纳。又先后在攻打过程中，两次建议撤退，结果被指责为对抗中央路线，“右倾机会主义”。他不服，在会上与批判他的人进行激烈争论。部队过了赣江后，一边行军，一边继续组织批判。黄克诚坚决不服，据理力争了一路，毫不动摇地坚持自己的意见。当他得知毛泽东也不主张攻打赣州时，他更加坚定了自己的看法。当时，红五军政治委员贺昌找他谈话，试图说服他认错。他明确表示，现在不服，将来也不服，不打算认算，准备再争论20年。尽管如此，他与贺昌之间的关系还是密切的。
1932年10月，苏区中央局在宁都召开会议，批评毛泽东的正确主张，把多次反“围剿”中行之有效的诱敌深入的战略方针指责为“专去等待敌人进攻的右倾主要危险”，要求红军在敌人合围之前就去粉碎敌人的进攻，夺取中心城市，争取江西首先胜利。会议撤销了毛泽东红一方面军总政委职务，到后方做政府工作。黄克诚认为，毛泽东的战略指导方针是正确的，撤去毛泽东领导职务，他怎么也想不通，多次说“历史会证明毛泽东是正确的”。
宁都会议之后不久，红三军团政治部在广昌召开干部会议，集中对黄克诚进行批判。会后，黄克诚被调到红三军团政治部任宣传部长，一个星期以后，他又被调到领导营任政治委员。1932年底，红三军团政治部主任袁国平调任红一军团政治部主任，贺昌又回到红三军团任政治部主任，这时又把黄克诚从教导营要回来，任命他为红三军团政治部组织部长。黄克诚与贺昌重新在一起工作后，双方争论仍然存在，谁都没有改变自己的观点，但革命工作还相互配合，不受影响。
1933年9月，蒋介石调集一百万军队对中央苏区和红军进行第五次大“围剿”。黄克诚对“左”倾邻导人的错误的军事指挥十分不满，多次向上级提出要求和建议。应该恢复毛泽东的军事领导地痊，说只有毛泽东的正确指挥方可力挽狂漏，救苏区于未倒。教条主义领导者说：“黄克诚右到了极点，顽固不化”，但黄克诚仍气愤地说：“没有毛泽东的正确指挥，单靠那几个用洋书本指挥的人，反‘围剿’斗争断难胜利。”
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