公元609年，启民可汗死，子始毕可汗立。公元615年，始毕叛隋，举兵入寇。其时，文帝已死，隋正处在崩溃的边缘，内乱不止，再也无暇顾及北方。而内地的居民为避乱迁入突厥，始毕可汗强盛起来，突厥再次成为北方大国。
西突厥在阿波可汗被莫何可汗生擒后，立泥利可汗为主，泥利死，其子处罗可汗立。处罗可汗部多在乌孙故地游牧。炀帝时，裴矩经营西域，设计分裂西突厥。当时，达头可汗的孙子射匮可汗在处罗可汗居地的西面，射匮可汗向隋求婚，炀帝要他灭处罗可汗才允许通婚。公元611年，射匮可汗起兵攻处罗可汗，处罗兵败，向东逃走，被迫归附隋。处罗部被分为三部，居住中国，不得归西突厥故地。
隋文帝采用长孙晟的策略，安定了隋朝边境，分裂了突厥，用力少而收效多。隋获得成功的一个主要原因是国内统一，而突厥败亡的一个主要原因就是其内部分裂。统一与分裂造成了力量的转变。北朝时，齐、周分裂，争向统一的突厥进贡求援；隋文帝时国内统一，击败了分裂的突厥；隋末大乱，北方割据的势力如薛举、王世充、刘武周等又再次向统一的突厥称臣献礼，突厥给他们封号，助长其分裂的势力，借以坐收渔利。
599年，东突厥南下降隋，隋文帝册封其突利可汗为“意利珍豆启民可汗”，隋政府并迁其属于河套等地。
603年，西突厥达头可汗在内乱中流亡中国青海，不知所终，至此，名震中亚、东罗马各国的西突厥也走向分解。
但是，政治势力的影响总是此消彼长，隋末年，炀帝治国穷兵黩武，东西两突厥便有东山再起之势。特别是东突厥，其始毕可汗竟把视察边防的隋炀帝围在雁门，幸得可贺敦（可汗妻的称号）义城公主（隋帝室女）说好话，得归。史称雁门事变。此后到唐统一，(东)突厥一直是北踞蒙古草原的强势军事集团。以致隋末乱世时的军阀薛举、刘武周、梁师都、李轨、高开道、王世充，甚至李渊，这帮人为夺取中央政权都先后向(东)突厥始毕可汗称臣，以求其军事援助。并且有人打着其名号招摇。
公元618年，唐朝建立，不久重新统一全国。突厥统治者看到不可能像以往那样从各个割据者手中勒索财物了，因此趁此时唐朝国力还不十分强大，连年进扰内地，掠夺人口和财富。东突厥颉利可汗曾亲率大军15万入攻并州，掳男女5000余口；又曾率骑兵10余万大掠朔州、进袭太原；更于公元626年唐太宗李世民刚刚即位之时率兵20万直逼唐都长安城外渭水便桥之北，距长安城仅40里，京师震动。唐太宗被迫设疑兵之计，亲率臣下及将士隔渭水与颉利对话。颉利既见唐军军容威严，又见太宗许以金帛财物、与之结盟，乃领兵而退。
这次紧急情况加强了太宗与突厥决一死战的决心。雄才大略的唐太宗始终坚决主张反击突厥。两年前，由于突厥严重进扰，唐高祖李渊曾听从臣下建议，打算放弃长安，另建新都，李世民坚决反对。同年突厥颉利和突利二可汗进犯幽州，李世民曾亲与对阵。“便桥之盟”后，太宗进一步加紧备战。他亲自垂范练兵，每日“引诸卫骑兵统将等习射于显德殿庭”，于是“士卒皆为精锐”。而此时国力逐渐强盛，反击突厥的时机终于成熟了。
629年（贞观三年）唐太宗便着手解决突厥，派李靖与张公谨领军北击。在630年唐太宗的决心是剿灭突厥，彻底消除内地遭受的祸患。唐代对突厥的战争是分两阶段进行的。
第一阶段先灭东突厥。贞观四年正月，李靖出奇制胜，在定襄大败突厥，颉利逃窜，李在白道截击，降其部众五万余人。两将又督兵疾进，大破敌军，颉利西逃吐谷浑，途中被俘。时值当年三月，东突厥灭亡。慑于大唐天威，“西北诸蕃，咸请上（太宗）尊号为天可汗”。颉利俘献京师后，太宗赐以田宅，授右卫大将军，几年后死于长安。
第二阶段对西突厥的战争，是在唐高宗时期完成的，伴随着唐与西突厥对西域的激烈争夺。唐初，西突厥势力极盛，“北并铁勒，西拒波斯，南接罽宾……控弦数十万，霸有西域”，对唐朝形成严重威胁，并阻碍着中西商业交通。
从太宗起，唐朝就开始了打通西域的斗争，贞观年间降吐谷浑、平高昌、讨焉耆、征龟兹，西域震骇，中西商路复通。此时西突厥首领为阿史那贺鲁。他曾因突厥内争失败而归附唐朝，受封左骁卫将军，参与征龟兹之战，太宗死，贺鲁即起反心，自号沙钵罗可汗，建牙帐于千泉（在今吉尔吉斯斯坦），与唐为敌，数扰西域。唐与之力战多年，逐个击破其联盟或附属各部。高宗显庆二年（公元６５７年），平西突厥最后一战开始。唐军由大将苏定方统辖，兵分南北两路，合击阿史那贺鲁，激烈的战斗接连不断，天降大雪，平地深二尺，唐军踏雪兼程追敌，士气高昂，阿史那贺鲁战败跳伊犁河逃往石国（今塔什干），被当地人擒获，送与唐军。西突厥自此灭亡。
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