《钦定藏内善后章程》是清朝中央政府总结元以来历代王朝对西藏治理的经验，为行使对西藏的完全主权而制定的一个重要的法律文献，它标志着清政府在西藏的施政达到了成熟和较完备的阶段。它的制定和实施，对于加强和发展中央与西藏地方的关系，密切祖国各民族之间的联系，巩固西南边防，防御外敌入侵，安定社会秩序，发展生产以及改善藏族人民的基本生活条件等，起到了良好的作用。
1795年乾隆皇帝退位，以太上皇的身份接受出家戒和比丘戒，命画工画了他身着袈裟的藏式唐卡，派专人送到拉萨。1798年八世达赖喇嘛在布达拉宫的三界殊胜寝殿（萨松南杰殿）内专门建造佛龛供奉乾隆皇帝的僧装画像，像前还供有“当今皇帝万岁万万岁”的牌位，后来认定十世、十一世、十二世达赖喇嘛的金瓶掣签仪式即是在这里举行的。
1804年八世达赖喇嘛圆寂后，清朝命济咙活佛继续摄政，1807年摄政及广大僧俗向驻藏大臣请求，说寻访到的在四川邓柯地方出生的灵童确系“第八世达赖喇嘛转世，请奏明皇上，免于金瓶掣签”，经驻藏大臣奏请，以皇帝批准免予金瓶掣签的方式，认定了九世达赖喇嘛隆多嘉措（1805－1815），并于1808年在布达拉宫坐床。1811年摄政济咙活佛去世，清朝任命八世第穆活佛任摄政。1815年九世达赖喇嘛圆寂，年仅十岁。1818年摄政等人仍通过驻藏大臣转奏，请求免予金瓶掣签认定他们在里塘寻访到的灵童为达赖喇嘛的转世，被嘉庆皇帝驳回，驻藏大臣也因此受到申斥。按嘉庆皇帝的命令，另外再寻访两名灵童，与里塘的灵童一起，在1822年举行金瓶掣签，认定了里塘出生的灵童为十世达赖喇嘛楚臣嘉措（1816－1837），并举行坐床典礼。因八世第穆活佛在1818年去世，清朝命出生于甘南在雍和宫任堪布的二世策墨林活佛出任摄政，所以此时的摄政是策墨林活佛。1830年，驻藏大臣兴科会同十世达赖喇嘛和摄政，派噶伦夏扎等人为清查人员，对各个宗谿的户口、差税、封地文书、免役执照等进行审核清查，编写成清册，呈报达赖喇嘛和驻藏大臣审批后，下发各宗谿遵照执行。这是清代西藏规模最大、最彻底的一次土地差税清查。1837年十世达赖喇嘛圆寂，由摄政策墨林活佛组织寻访转世灵童，并在1841年举行金瓶掣签认定了十一世达赖喇嘛凯珠嘉措。就在同一年，西藏军民还击败了得到英国殖民主义者支持的森巴军队对阿里的入侵。当时占据了拉达克地方的印度锡克族森巴人大头目倭色尔带兵侵占藏境，夺据达坝噶尔及杂仁、补仁三处营寨。驻藏大臣孟保先命噶伦才丹多吉和代本比喜领兵一千三百人往剿，后又派藏族官兵五百名兼程增援。翌年初，战斗结果为击毙包括倭色尔在内的森巴军官四十余人，歼灭敌兵二百余人，俘虏八百余人。拉达克头人及部落酋长纷纷献上兵器，达坝噶尔等地营寨及土地一千七百余里被收复，边境肃清。这是继反击廓尔喀两次入侵后，在驻藏大臣的主持下，取得的又一次军事胜利。
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