1791年7月廓尔喀以西藏方面爽约为由，悍然发动了第二次侵扰西藏战争。在短短的十几天内迅速占领了聂拉木、定日、萨迦、济咙等宗。红帽活佛为报复其兄仲巴呼图克图不分六世班禅的遗产给他的私怨（红帽活佛是六世班禅和仲巴呼图克图的同母异父兄弟），竭力唆使廓尔喀兵抢劫扎什伦布寺。驻藏大臣保泰得悉事态，慌忙将七世班禅移往拉萨，幸免被俘。仲巴呼图克图携大量金银珠宝细软逃跑。其余济仲喇嘛、扎寺堪布并众僧等，在占卜师宣称“不可与贼作战”的诓骗下四下逃散，廓尔喀军洗劫了扎什伦布寺。只有驻守日喀则的都司徐南鹏率领的八十名清军，坚守日喀则宗堡，与敌交战，保住了城堡。消息传来，清廷大为震动，巴忠自知罪责难逃，投湖自杀。乾隆皇帝决定派遣福康安为大将军，超勇公海蓝察为参赞大臣，率领满、汉、蒙、回、达斡尔、鄂温克、鄂伦春等数个民族组成的一万七千余人的大军，分三路进藏讨伐。在西藏人民的支援下，1792年5月，清军收复全部失地，将廓尔喀军驱除。
7月，清军势如破竹，长驱直入廓尔喀境内，打到距阳布二十里地方，廓尔喀派大头人前来投降，放回了被抓去的噶伦丹津班珠尔等人，交出了从前“贿和”的合同和服毒自杀（有说因病身亡）的沙玛尔巴骨殖及其妻子儿女仆人等，退还了所有抢去的扎什伦布寺的财物并班禅的金册等。乾隆皇帝考虑到当地节气较早，天气骤冷，若大雪封山，全体将士后果不堪设想，故指示福康安接受廓尔喀的乞降禀贴及恭词请罪，令其签写“永不犯藏”之甘结，并定期纳贡。廓尔喀王接受了全部条件，还派人赴京呈进贡品多种。9月，福康安率大军自前线凯旋班师。
根据乾隆帝的指示，1792－1793年，大将军福康安与孙士毅、惠龄、驻藏大臣和琳等经过长期酝酿，拟订了有关治理西藏各方面的章程，并报经中央政府核准颁布实施，其中关于西藏地方政府遵行的部分，即著名的《钦定藏内善后章程》二十九条（藏文本）。
章程的要点是：
1、行政人事权方面，规定驻藏大臣督办藏内事务，地位与达赖喇嘛、班禅平等。所有噶伦以下的首领及办事人员、管事僧人皆是隶属关系，事无大小，都得禀明服从驻藏大臣办理。噶伦、代本的任免升迁，由驻藏大臣会同达赖喇嘛拟写两份名单，呈报大皇帝选择任命。其余前藏大小文武官员由驻藏大臣和达赖喇嘛委任，发给满、汉、藏三种文字执照。后藏官员依照前藏之制，由驻藏大臣和班禅协商委任，发给执照。
2、宗教监管理权方面。设置“金奔巴瓶”，嗣后达赖喇嘛、班禅及藏区各地呼图克图“灵童”的认定，须由驻藏大臣监督主持，将其名字生辰年月，以满、汉、藏三种文字书于象牙签牌上，然后置于金瓶内当众掣出，报请中央政府正式批准。藏地各大寺院活佛人选，由达赖喇嘛、驻藏大臣及呼图克图认定，并发给盖有以上三人印章执照。青海蒙古王公迎请西藏活佛，须由西宁大臣行文驻藏大臣发给通行护照。赴外地朝佛僧侣，亦需领取护照，始得通行。如若私自前往，一经查出，惩处该管堪布及札萨等主管人员。达赖喇嘛所辖寺庙之活佛、喇嘛及全藏各呼图克图所属寨落人户，一律详造名册，于驻藏大臣衙门和达赖喇嘛处各存一份。
3、军事方面。设三千名正规军队，前后藏各驻一千名，江孜、定日各驻五百，兵员由全藏征调。所征兵员造册两份，各存驻藏大臣衙门及噶厦。代本、如本、甲本、定本由驻藏大臣并达赖喇嘛择选年轻有为者充任，并发给执照。驻藏大臣每年分春秋两季出巡前后藏并检阅军队。军队粮饷由地方政府筹办，交驻藏大臣分春秋两季发给。军队所需弹药，由噶厦派人携带驻藏大臣衙门公文，赴工布地方制造下发。
4、司法方面。对于一般案件的处理，“可以缘依旧规，但需分清罪行之大小轻重，秉公办理”。处罚犯人、没收财产等，必须登记，呈缴驻藏大臣衙门或报经驻藏大臣审批，始能处理。各地汉官、噶伦和宗本等，如有依仗权势，无端侵占别人财产，欺压或剥削人民事情，即可报告驻藏大臣予以查究。
5、外事方面。外事集权于中央，一切西藏外事交涉权，统归驻藏大臣负责办理。西藏地方与外国行文，须以驻藏大臣为主与达赖喇嘛协商处理。廓尔喀人往见，其回文须按驻藏大臣指示缮写。边境重大事务，更要根据驻藏大臣指示处理。外藩所献贡物，给达赖喇嘛等人来文须呈驻藏大臣查阅，并代为酌定回书，交来人带回。所有噶伦不得私自向外藩通信，当外藩行文噶伦时，必须交驻藏大臣并达赖喇嘛审阅处理，不得私自回信。外国来藏商旅，必须登记、造具名册呈报驻藏大臣衙门，按其路线签发路证，并在江孜、定日两地派兵驻扎，检查路证。外人来拉萨者，须向边境宗本呈报，经沿途检查，将人数报驻藏大臣衙门批准。西藏到廓尔喀塑建佛像的人，也由驻藏大臣签发路证，限定日期返回。
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