清朝在驱除准噶尔军以后，没有让青海蒙古首领统治西藏，而是建立了清朝对西藏的直接统治，从西藏贵族中任命几名噶伦掌政，以康济鼐为总理西藏政务的噶伦。但是掌政的噶伦之间很快就发生矛盾，1727年，噶伦阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐等人为争权夺利，煽起内讧，戕杀康济鼐，并派人去后藏捉拿颇罗鼐。颇罗鼐闻讯，立即意识到这是背离中央政府旨意的一次阴谋。于是在火速奏报朝廷的同时，毅然再次于后藏起兵，联合康济鼐之兄阿里总管噶西鼐等，率后藏及阿里精兵数千人，向阿尔布巴等人宣战。双方在江孜交战半年多，颇罗鼐攻入拉萨，在三大寺僧众的帮助下，擒获了阿尔布巴等人，奏请清廷处置。此时清朝派遣的大军抵达拉萨，经共同审核事实，将阿尔布巴等人处斩。清廷肯定了颇罗鼐的功绩，封他为贝子，任命他为首席噶伦，后来又晋封为郡王，由他领导西藏地方的行政。颇罗鼐之下清朝还任命噶西巴·纳木扎勒色布腾和策仁旺杰两位噶伦，但地方大权由颇罗鼐一人总揽。为防止准噶尔军再次侵扰和西藏统治集团的内争，1728年雍正皇帝下令把七世达赖喇嘛移到四川泰宁的惠远庙居住，还命七世达赖喇嘛之父索南达结进京，封他为“辅国公”，以防止他干预藏政，这是达赖喇嘛的亲属受中央封以爵位的开始。直到1735年准噶尔部的威胁解除，雍正皇帝派副都统福寿和章嘉国师若必多吉护送达赖喇嘛返回拉萨。清朝还于1727年设立驻藏大臣，在拉萨设立了驻藏办事大臣衙门，直接监督地方政权，留驻藏清军二千人，归驻藏大臣指挥。通常驻藏大臣为两人，一为办事大臣，一为帮办大臣，一方面可以商议办事，另一方面分别替换，始终保持有一个比较熟悉情况的大臣住在西藏。另外清朝还划定了西藏和青海、四川、云南的地界，确定西藏的行政范围。
颇罗鼐为医治战争创伤，安定社会秩序，解决生产凋敝、民不聊生、经济拮据的困窘，增强地方自身的防御作战能力等，做了许多有益的事情。颇罗鼐在清朝驻藏军队的指导下，在拉萨北郊兴建了扎什兵营，分期操练了由骑兵一万人、步兵一万五千人组成的藏军。自此，西藏有了一支兵械较齐备，且训练有素的军队，于西藏通往准部各条道路上“严设卡伦，准噶尔自是不敢窥藏”，维护了西藏边境之安宁。他还整顿驿站，保证政令文书的传递。他按照乾隆皇帝的安排接待准噶尔部经清朝批准派来的熬茶礼佛的使团，受到清朝的嘉奖。1747年颇罗鼐去世，其子珠尔墨特那木扎勒袭封郡王，总管全藏事务。然而他上台后，专横跋扈，结党营私，杀害其驻守阿里的兄长，又与达赖喇嘛不和，敌视驻藏大臣，阻断驿传军书，还设法和准噶尔部联络，争取准噶尔部作外援。由于驻藏清军大部分已在1733年撤回内地，拉萨形势非常危急。1751年驻藏大臣傅清、拉市敦抢先将珠尔墨特那木扎勒诱杀，他们自己被珠尔墨特那木扎勒的党羽杀害，驻藏大臣衙署被焚毁，钱财被洗劫一空，史称珠尔墨特那木扎勒之乱。事件发生后，七世达赖喇嘛即命公班智达代理政务，将杀害驻藏大臣的凶手捕获，安定拉萨局势，等待清朝派员进藏处理。清朝所派的四川总督策楞带兵入藏后，经过调查研究，提出了“酌定西藏善后章程”十三条，乾隆帝深刻地反省了过去珠尔默特那木扎勒之所以敢怀逆志谋反，就是因为西藏“地广、兵强、事权专一”，“噶伦事务于事权极有关系”。所以清政府为一劳永逸之计，决定以此次平乱为契机，改革西藏地方政制，废除郡王独理专擅西藏政务的制度，规定由达赖喇嘛领导噶厦掌管西藏的政务，分权于一僧三俗的四位噶伦手中，这是僧人出任噶伦的开始。噶伦之间地位平等，遇事秉承驻藏大臣和达赖喇嘛的指示，共同处理地方各项事务，不得独断专行。同时由驻藏大臣监督管理。还把原属珠尔墨特那木扎勒管辖的藏北三十九族和达木（当雄）蒙古划归驻藏大臣直接管理。
七世达赖喇嘛掌政不久，在1757年圆寂，清朝派章嘉呼图克图进藏，主持寻访达赖喇嘛转世的事务，同时任命第穆活佛（丹吉林）为摄政，代理达赖喇嘛管理西藏事务。这是达赖喇嘛去世到新一辈达赖喇嘛掌政之间由清朝任命一名高僧代行达赖喇嘛职权的摄政制度的开始。经六世班禅参与，认定了八世达赖喇嘛强白嘉措（1758—1804）。1777年第穆活佛去世，清朝派当时在北京雍和宫任堪布的策墨林活佛（策墨林）进藏担任摄政。这种由达赖喇嘛、驻藏大臣、摄政共同掌管政务的体制在这一时期建立起来。1779年清朝迎请六世班禅进京，1780年8月六世班禅抵达热河，参加为乾隆皇帝祝贺七十大寿的活动，然后到北京。10月底六世班禅因病在北京黄寺圆寂。1784年八世达赖喇嘛亲政，1786年团章嘉国师若必多吉去世，清朝召策墨林活佛回京，命济咙呼图克图协助达赖喇嘛办理政务。
1788年发生了廓尔喀侵扰后藏的事件。历史上的尼泊尔，是指分布在加德满都谷地巴勒布人生活居住的阳市（即今加德满都）、库库穆、叶楞三部，藏语称之为巴勒布。1768年，本属尼泊尔部落之一的廓尔喀人，乘巴勒布本国内讧之机，吞并了巴勒布三部，并迁都阳布。后藏与廓尔喀地域紧密相连，彼此间以物易物或钱货买卖，经济关系非常密切，不过双方贸易中也不时发生一些小的摩擦和结怨。
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