固始汗控制西藏以后，和格鲁派联合建立了甘丹颇章政权，在这个政权中，固始汗自己作为甘、青、康及卫藏地区的汗王，成为全藏族地区的统治者。他派遣了八个儿子率部驻扎青海，建立了以他为领袖的和硕特部根据地。命令以所征康区赋税供给青海部众，将卫藏赋税供养达赖、班禅，使格鲁派寺院在经济上得到实惠。他本人及两个儿子则长期拥兵坐镇拉萨，在拉萨以北的达木地区（今当雄）驻扎重兵，起震慑保护作用，从而在全藏区形成了蒙古汗王统治的局面。在甘丹颇章政权内，西藏地方的高级行政官吏和世俗贵族由固始汗任命封赐，其中官职最重要的就是第巴。至于卫藏地区的行政命令，必须经由固始汗盖印、发布执行，第巴只是副署盖印而已。
固始汗看到明朝气数已尽，在东北兴起的后金有统一天下的可能，所以他也积极寻求政治靠山，在占领青海之初，就遣使到盛京（今沈阳）朝见皇太极，开始了和后金的交往。还在入据西藏以前，他就与五世达赖喇嘛和班禅四世等商议，并由四世班禅出面，争取到第悉藏巴等政教首领参加，联合派出了以伊拉古克三为首的代表团前往盛京。1642年，代表团一行始到盛京，皇太极出城亲迎，“率众拜天，行三跪九叩之礼”，表明了后金对争取蒙藏各部的重视。皇太极对代表团给予了优厚赏赐。次年，皇太极遣使随同伊拉古克三一行赴藏，分别致函赏赐固始汗、达赖、班禅及第悉藏巴等其它政教首领，
1644年（顺治元年），清朝定都北京后，与西藏地方的联系更加频繁。翌年，固始汗派其子多尔济达赖巴图尔台吉到北京，上书顺治帝，表示对清政府的谕旨“无不奉命”。他还与五世达赖喇嘛共同遣使清朝“表贡方物”，受到清朝的赏赐。自此之后，蒙古和硕特部汗王与西藏地方宗教首领几乎年年必遣使莅京，通贡不绝，清朝也厚给回赐。为了进一步加强同中央政权的政治联系，固始汗还上书清朝，说“达赖喇嘛功德甚大，请延至京师，令其讽诵经文，以资福佑。”同时他又积极鼓动劝说五世达赖喇嘛接受清朝的邀请。1652年（顺治九年）达赖喇嘛带领大批随从起程，当年年底到达北京，顺治帝在北京南苑以狩猎的形式，不拘礼节地迎接会见了他，“赐坐，赐宴，待以殊礼”。另外还赏给金、银、大缎、珠宝、玉器等大量礼品。五世达赖喇嘛进呈了珊瑚、琥珀、青金石念珠、氆氇、马匹、羔皮等千件贡礼。达赖喇嘛留京两个月期间，应邀两次进皇宫参加了顺治帝专门为之举行的盛大国宴，还参加了一些满族亲王、蒙古汗王举行的宴会，先后进行了一系列的佛事活动。其中为专程自大漠南北、山西五台山赶到北京的蒙古科尔沁秉图王及汉族僧侣，为御前侍卫拉玛，为成百数千人讲经传授各种法戒，撰写启请、发愿、赞颂及祭祀析愿文等等，所接受的礼金、各类礼品、法器以及社会各阶层馈赠的不可胜数。清朝在北京专门修建了黄寺，供他住宿。1653年初，在达赖喇嘛返藏途中，顺治帝派官员赶到代噶（今内蒙凉城），赐给五世达赖喇嘛金册金印，封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇恒喇达赖喇嘛”。自此，清中央政府正式确认了达赖喇嘛在蒙藏地区的宗教领袖地位，历辈达赖喇嘛经过中央政府的册封遂成为制度。清政府在册封五世达赖喇嘛的同时，又派大臣和五世达赖喇嘛一起去西藏，给固始汗赉送以汉、满、藏三体文字写成的金册金印，封固始汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，承认他的统治藏族地区的汗王的地位。清朝的支持对新建立的甘丹颇章政权的巩固起了重要的作用。
1654年固始汗去世，诸子争位，相持不下，汗位空悬四年之久，最后妥协解决，由达什巴图尔主持青海各部，达延汗主持西藏政务。然而他们缺乏其长辈的威望和才能，而五世达赖喇嘛凭倚朝廷的支持，权力及威望日益增强。1658年固始汗任命的第巴索南饶丹去世，经过两年的协商，最终由五世达赖喇嘛任命他的亲信仲麦巴赤列嘉措出任第巴，任命第巴的权力从蒙古汗王转移到达赖喇嘛的手中。1662年四世班禅大师洛桑曲吉坚赞去世，西藏的政教权力进一步向达赖喇嘛集中，但是在军事上格鲁派仍然要依靠和硕特部的保护。1668年达延汗去世，汗位又空悬了三年，1671年才由达赖汗继位。五世达赖喇嘛在后期扶植仲麦巴赤列嘉措的侄子桑结嘉措掌权。1676年五世达赖喇嘛提名当时年仅24岁的桑结嘉措出任第巴，因时机尚未成熟，桑结嘉措谢绝这一任命，由达赖喇嘛的却本洛桑金巴担任，说好三年后让位。1679年达赖喇嘛再次提名，桑结嘉措正式就任第巴职务。1682年五世达赖喇嘛去世，桑结嘉措为保持自己的地位，稳定局势，以五世达赖喇嘛临终做出了安排和与拉达克的战争正在进行为由，和少数亲信决定秘不发丧，“伪言达赖入定，居高阁不见人，凡事传达赖之命行之”，继续以五世达赖喇嘛的名义掌政。桑结嘉措看到，必须依靠清朝中央政府的支持和敕封，自己才能名正言顺地统治西藏，因此他极力设法向清朝请求敕封，1694年（康熙三十三年），他借五世达赖喇嘛的名义，上奏朝廷说：“臣已年迈，国事大半第巴主之，乞请皇上给印封之，以为光宠。”康熙帝经过反复考虑，最后封给桑结嘉措“法王”称号，同时赐给“掌瓦赤喇但喇达赖喇嘛教弘宣佛法王布忒达阿白迪之印”。为了防止自己的权力被和硕特汗剥夺，桑结嘉措还与新疆的准噶尔部首领噶尔丹接纳关系，利用准噶尔部和和硕特部的矛盾，牵制和硕特汗。在噶尔丹和清朝的斗争中，桑结嘉措用五世达赖喇嘛的名义为噶尔丹说话，遭到康熙皇帝的申斥。桑结嘉措还违反格鲁派寻访达赖喇嘛的转世灵童的惯例，一手包办五世达赖喇嘛的转世灵童的寻访认定，于1685年秘密地选定在门域出生的仓央嘉措为五世达赖喇嘛的转世。直到1694年清朝打败噶尔丹，从准噶尔降人口中听到五世达赖喇嘛早已圆寂的消息，严辞责问，桑结嘉措才向清朝报告五世达赖喇嘛圆寂多年，其转世已经认定。在经过清朝同意后，1697年将仓央嘉措接到后藏浪卡子宗，由五世班禅为其剃度授戒，随后迎接到布达拉宫坐床。
五世达赖喇嘛去世后，西藏的蒙藏统治集团的矛盾一直在逐渐加深，桑结嘉措依靠政治权谋和手腕来保持和巩固自己的地位，无助于问题的解决，在清朝和准噶尔部的斗争中，桑结嘉措逆历史潮流而动，错误地支持准噶尔部的噶尔丹，与清朝也有矛盾。1701年达赖汗去世，拉藏汗继位。自拉藏汗上台后，桑结嘉措与他的关系很快就紧张起来。1703年，双方的部下在拉萨争斗，经三大寺高僧调解，矛盾暂时得到缓和。桑结嘉措辞去第巴之职，由他的儿子卓萨继任，拉藏汗到当雄居住。但这种妥协很难维持长久，1705年第巴·桑结嘉措集结各地兵力到拉萨，与拉藏汗再次爆发了武装冲突，拉藏汗从当雄兵分三路反攻，在澎波决战，桑结嘉措兵败后被擒杀。拉藏汗进入拉萨后，随即派人到朝廷，报告事变的经过，并奏称仓央嘉措是假达赖喇嘛，平日耽于酒色，不守清规，请予以废黜。康熙皇帝认可了拉藏汗的行动，派护军统领席柱、学士舒兰为使，到西藏封拉藏汗为“翊法恭顺汗”。同时下令“拘假达赖喇嘛”及桑结嘉措妻、子解京。仓央嘉措在解往北京的途中，“行至西宁口外病故”，年仅二十四岁。拉藏汗另找了一个格鲁派僧人意希嘉措，立为达赖喇嘛，清朝在派人带领青海蒙古诸台吉的代表进藏询问五世班禅后，于1707年批准意希嘉措为六世达赖喇嘛，1709年派人进藏册封，并赐给金印，由五世班禅主持，在布达拉宫举行坐床。
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