6月，孙中山任命陈炯明为援桂军总司令，叶举为前敌总指挥，开始第二次粤桂战争。粤军以雷霆万钧之势，楔入广西境内，8月初，进驻南宁。
随后，孙中山派邹鲁到广西，敦促陈炯明出师援鄂，并由广东政府接济军费400万元。但陈炯明说，粤桂战争花费巨大，能动用的钱差不多都投进去了。他想尽一切办法，也只能筹到200万元，还要等北伐军出发以后才能付出。双方信使，徒劳往返，无济于事。孙中山亲赴南宁，当面向陈炯明晓以大义。结果陈炯明仍然主张先定省宪，以确立民治的基础；再议国宪，循序渐进地推进统一。他说自己并不反对北伐，只是现在兵疲将惫，囊空如洗，根本不可能远征北方。
10月29日，孙中山在梧州设大本营，一面派汪精卫回广州筹饷，一面躬亲督师，溯江北上，向桂林前进。他愤然表明：“我已立誓不与竞存（陈炯明字）共事。我不杀竞存，竞存必杀我。”（《华字日报》）1922年6月24日）遂有把手枪交给黄大伟，令其刺杀陈炯明之举。（章太炎：《定威将军陈君墓志铭》，载《广州文史资料》第9辑，此事亦经黄大伟本人撰文证实）
邓铿之死
经过长时间的酝酿之后，1922年2月3日，孙中山决计取道湖南，进兵北伐。但由于连年被兵，湖南方面无论是当局还是人民久已厌战，所以宣布保境息民，公开拒绝北伐军假道。入湘计划于是告吹。
3月26日，孙中山在桂林召开会议，决定班师回粤，改道江西北伐。这时广州发生了一件凶案。
3月21日，陈炯明的亲信、负责为北伐军在后方筹划的粤军参谋长邓铿从香港公干回省，在广九车站突然遇刺，两天后身亡。国民党官史一向说邓铿是被陈炯明暗杀的，然而，从目前的史料看，这种说法大可质疑。据罗香林记述：“公知凶手所自来，且身中要害，知不能免，急命司车者驶回省署，告陈公（炯明）暨家人亲友以后事。”（罗香林：《革命先烈邓公仲元传》）《陈炯明叛国史》也说：“邓被刺后，抬入总司令部，曾向大众叹气言曰：‘我知参谋长地位危险，何必自己人杀自己人。’有问凶手为谁者，邓又叹气，谓：‘我认得，真不料他杀我。’”
如果邓铿认得凶手与陈炯明有关，他怎么会在受伤后马上返回省署（陈炯明办公的地方），又命人通知陈炯明呢？后来陈炯明辞职离开广州时，“邓仲元（铿）夫人及邓之介弟闻讯，赶至车站送行，陈与之谈话甚久，语及邓仲元身后时局之状况，相对泣下。”（《申报》1922年4月30日）可见邓的亲属都不认为陈炯明是幕后黑手，陈邓两家还一直保持着通家之好。
密切关注局势发展的驻穗美、英两国领事馆也认为，刺杀邓铿，是孙派国民党人所为。美国副领事在1922年4月4日有一份报告说：“关于谋杀邓铿的动机，我从外国情报探得两报告，一说是广西系所为，另一说是国民党，以警告陈炯明而下毒手。”英国总领事在4月22日也有一份报告说：“国民党谋杀陈炯明的参谋长邓铿，现已为众所周知的事实。”
邓铿之死，对孙陈间本来就脆弱不堪的关系，可以说是致命一击。有一种说法是，陈炯明不愿全力支援孙中山的北伐，孙中山为解兵马粮饷之忧，必欲除之而后快，是以杀陈手下的第一大将，以收杀鸡骇猴之效。（汪荣祖：《邓铿之死真相探索》，载《李敖千秋评论丛书》，1990年2月）
4月9日，孙中山决意变更计划，令在桂各军一律返粤，潜师而行，到了梧州，陈炯明才知道。孙中山让廖仲恺转告陈炯明：一、陈炯明参加北伐，二、筹措500万元的军费。陈炯明无法接受孙的条件，遂被罢黜。
举兵北伐
4月23日下午，孙中山在越秀山总统府召开全体幕僚会议，决定行止。大本营内，有两种意见，一是主张暂缓北伐，先清内患，解决“陈家军”；二是立即转道北伐，避免与陈炯明直接冲突，双方仍留转圜余地。
孙中山赞成第二种意见，“竞存叛迹未彰，在桂粤军数年奋斗，犹欲保存”，因此，他决定亲自督师北伐，“两广仍交竞存办理，给以殊恩，当能感奋”。
孙中山急图北伐，与北方形势的发展，不无关系。4月下旬，第一次直奉战争爆发。孙中山与奉、皖军阀一直有秘密接洽，结成三角同盟。孙中山深感这是联合奉、皖军阀，夹击直系的千载良机，必须立即出兵策应，他已无暇顾及解决陈炯明问题了。
但出乎意料的是，直奉开战，仅及一周，奉军便被吴佩孚击败，狼狈退回关外，南北夹击直系的计划，化为泡影。但南方的北伐，却如弦上之箭，不得不发了。
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