本来，浅井家最初的战略是依靠固若金汤的小谷城打笼城战。可惜，信长不是蠢材，当然也不会傻到勉强硬攻的地步，他只是步步为营，一个一个地拔除了小谷城以外的浅井据点。浅井家却不能无视信长的战术，结果从城杀出，两军在姊川这个地方对阵。
姊川合战中，兵力优胜的织田军掀起了共计13段的阵势。据说想以多重阵势压制住浅井家的攻势。然而，即便如此，织田信长还是小看了浅井家的攻击力，特别是在骁将浅井家臣矶野丹波守员昌率领下的一千五百骑，接连突破了包括织田军猛将羽柴秀吉，柴田胜家在内的11阵，差点破入织田本阵。织田军顿时陷入穷境。可是，一直等待着最后关头的织田军稻叶一铁等部在这个时候发动了对浅井军侧翼的攻势。由于稻叶一铁，安藤守就及氏家卜全“美浓三人众”的侧面进攻，使局势逐渐倾向于织田军。另一方面，作为浅井家援军的朝仓军，在与作为织田家援军的德川军战斗中,由于遭受德川家臣榊原康政的侧面进攻开始崩溃，朝仓军先全军溃散了。之后，在遭到织田·德川两军合围攻击，浅井·朝仓联军开始总崩溃。姊川合战的结局，以浅井·朝仓联军的惨败而告结束。
此后，长政向小谷城撤退。知道此城难以攻陷的信长没有继续进攻，引军归回。此一役，还是以浅井家损失为大。为挽回劣势的浅井·朝仓联军于是向京都方面进攻，大败那里的织田守军。而在织田家的主力在迫近京都附近的佛教总本山「比叡山延历寺」时，得到僧兵的援助，在山上架起阵势，与织田家对抗。最后在将军义昭的停战命令下，双方这才各自收兵。
翌年，信长火烧「比叡山延历寺」，第六天魔王之称号由此产生。在与信长越加不和的义昭号召下，浅井·朝仓·本愿寺·武田·上杉等大名开始合作，「信长包围网」形成。织田家面临了最大的危机。可惜的是，不久，武田信玄病势。尽管本愿寺家鼓动各地一向宗对织田家发起「一向一揆」，使信长疲于应付，但这不足以抵挡织田家顺应历史前进的脚步。
而为对付浅井长政，信长派出羽柴秀吉筑横山以切断小谷城的陆路交通；丹羽长秀封锁琵琶湖水路交通。斩断了浅井的经济命脉。面对羽柴秀吉，浅井长政数次出兵与之交手，欲打破困境。在首次作战败北后，秀吉接受了麾下军师竹中半兵卫建议，只守不攻，并利用浅井家的逐渐衰败开始笼络长政手下家臣重将。事实证明，半兵卫的这一策略是完全正确的，宫部继润，阿闭贞盛等大将的反叛使得陷入困局的浅井家更是雪上加霜。
姊川合战3年后的天正元（1573）年，武田信玄的死，将军足利义昭被放逐，无后顾之忧的织田家，再次向浅井·朝仓家开始发起攻势。不久，朝仓家一乘谷城被攻陷，朝仓义景自害，朝仓氏灭亡。织田大军兵围小谷城。
无论如何坚固的城池，也经受不起织田大军夜以继曰的猛攻。8月，浅井长政自知落城之曰将近，将妻子及三个女儿交与秀吉带回织田家，在落城的最期与父亲浅井久政一起自害，享年29岁。
一般认为，在浅井·朝仓家灭亡的翌年，信长在新年晚宴上，将浅井长政和朝仓义景的颅骨涂抹上金箔，作为酒宴的装饰品。也有说将浅井长政的颅骨制作成酒杯，以此喝酒庆祝胜利。无论那一个，均足以证明信长对长政的愤恨之念达到了何等境界。
近江浅井家，历经三代，终，泯灭于幽幽岁月中。但浅井长政的身影却没有消失，随着他三名女儿的成长，开始影响起了整个曰本历史。长女茶茶成为了丰臣（羽柴）秀吉的侧室，生下了丰臣家的接班人丰臣秀赖，以「淀君」的身份在战国时代的终期登上她权势的高峰；次女初嫁给了复兴京极家的京极高次；三女江成为了德川幕府二代将军德川秀忠的侧室，生下三代将军家光。浅井的血脉，继续流淌在历史的长河中……
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