1868年，日本明治政府一成立，天皇在诏书中就宣称“日本乃万国之本”，要“开拓万里波涛，布国威于四方”。内阁总理大臣大久保利通在给天皇的奏折中鼓吹“扬皇威于海外而抗衡于万国”，弱小的琉球立刻成为野心勃勃的日本军阀的第一个目标。早在明治维新前的1855年，明治政府许多重臣们的导师，日本改革派政治家吉田松阴就已经扬言“一旦军舰大炮稍微充实，便可开拓虾夷（今北海道），晓喻琉球，使之会同朝觐”。1874年，日本抓住1871年54名琉球渔民漂到台湾被当地高山族杀害的事件大做文章，“（明治）维新三杰”之一西乡隆盛的弟弟西乡从道带领3000日军远征台湾，虽然最后侵略台湾的目的没有得逞，但是腐朽软弱的清廷为了息事宁人，让日本尽早从台湾撤军，居然在1874年10月的《北京专条》（又称《台事专条》）中向日本赔偿了50万两银子，并声明“台湾生番曾将日本国属民等妄为杀害”，无形中使得日本吞并琉球有了口实。当时的西方舆论就认为“这次事件向全世界宣布，这里是一个愿意偿付而不愿战斗的富饶帝国，它实际上决定了中国的命运。”
果不其然，来北京和中国政府交涉的大久保利通回国以后向日本政府表示“今者中国承认我征番为义举，并抚恤难民，似足以表明琉球属于我国版图之实效”，于是日本政府第二年就派内务大丞松田道之到琉球，强令琉球国王断绝了和清朝的“宗藩关系”，停止了二年一次的对华朝贡并改用日本的“明治”年号。而到了1879年3月8日，日本政府悍然宣布了“琉球处分”，改琉球为冲绳县，任命锅岛直彬为冲绳县令。4月初内务大丞松田道之率领日军熊本镇台“冲绳分遣队”官兵300余人、以及警官160余人进入琉球首里城，用武力拘禁了末代琉球王尚泰，并将其强行移居到东京。琉球就这样灭亡了！
面对亡国之痛，琉球人民一面以“不合作运动”抵制日本的直接统治，一面数次派使节前往北京，“泣请援球……救鄙国倾覆之危……”，琉球的陈情通事林世功甚至在北京壮烈自杀，以死谏请求中国出兵援助。然而清政府的矛盾却是矛盾而虚弱的，一方面由于《台事专条》给了日本人并吞琉球的口实，又加之对自身国力缺乏信心，始终不敢下决心与日本抗争；另一方面，由于长期的宗藩关系造成的对琉球的保护义务，清政府也同日本进行了交涉。但是以这种虚与委蛇的态度面对日本“（琉球）系我国内政，宜得自主，不容外国干涉也”的强硬立场和吞并琉球的既成事实，结局是可想而知的。
这个时候正好美国前总统格兰特来亚洲旅行，实际主持清朝外交事务的李鸿章好像抓到了救命稻草，请求他调停中日的琉球争端。格兰特倒是同意了“调停”，可美国正是1874年支持日本侵略台湾，日本吞并琉球后又率先承认的国家，李鸿章此举，岂非与虎谋皮！
果然，格兰特到日本之后“调停”的结果是，日本提出了对中国极其不利的“二分琉球”方案，准备以把琉球南部“周围不过三百里”的贫瘠不能自立的宫古－八重山群岛的16岛划归中国为诱饵，换取中国承认日本占有琉球的主体部分的中部11鸟和北部9岛，并且要修改《中日修好条规》，给予日本商民和西方列强一样的在华不平等的片面最惠国待遇。李鸿章和总理衙门商量以后，提出了三分琉球的反建议，即北部各岛归日本，中部各岛给琉球复国，南部各岛归中国，显然这是日本不会同意的。由于此时中俄由于伊犁问题关系剑拔弩张，清政府深恐日俄联合使得自己两面受敌，因而决定让步，1880年10月，中日议定了《球约专条》及《加约》两款，接受了日本分岛改约的方案，只待两国最后签字即可。清政府还自欺欺人的认为，日本交还南部各岛，可以重立琉球国免其绝祀，而且还可以防止日俄联合，“此举既已存球，并已防俄，未始非计”。
不过由于曾纪泽在彼得堡的谈判取得了晚清历史上罕见的一次外交成功，中俄关系开始缓和，中国初步免除了两面受敌的窘境，中国舆论对上述草案的不满再次爆发，清政府内部也有人提出异议。举棋不定的清廷问计李鸿章，1880年11月11日李鸿章在奏章中主张以拖延的办法，不准改约。于是清廷决定废除上述协议。但随后由于中日间的朝鲜问题的激化，琉球问题也从此搁置，清廷连日本都准备划给中国的宫古－八重山群岛也不闻不问了！而随着15年后中国在甲午战争中失败并被迫割让台湾，琉球的归属，便更加无人提及了！
但是，与中国在中法战争后承认藩属越南为法国的“保护国”，甲午战争后承认藩属朝鲜“独立”（实即承认日本的控制）不同，作为琉球的宗主国，清政府并未在任何条约中承认日本对琉球这个中国“藩属国”的吞并。1945年同盟国的《波茨坦宣言》要求日本军国主义者放弃“其以武力或贪欲所攫取之所有土地”，其中理所应当包括琉球。特别是其中的第8条强调“日本国的主权必将仅限于本州、北海道、九州、四国及吾人所决定的诸小岛之内”，琉球也未被明确视为日本的固有领土。1947年4月联合国通过《关于前日本委任统治岛屿的协定》，把“主权有争议”的琉球群岛交给美国“托管”。虽然1970年在所谓“冲绳返还”中美国又将琉球的“施政权”私自转给日本，使日本再度窃据琉球。但是美国也自知理亏，因此宣称转移的是“施政权”，从而回避了主权问题。今天的日本竟然主张以琉球群岛（和中国固有领土钓鱼岛）为基点和我国平分东海大陆架以妄图窃取东海丰富的海洋资源。这，难道不值得深思么。
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