庞大的明朝皇族——凤阳朱氏数十万成员，大部分在第一场劫难中被农民军屠杀了。另一部分又在抗清保国的战争中壮烈殉国了。除了这两部分外，在这场空前浩劫中侥幸逃生的皇族成员，又开始了更加艰难的生活。
　　
　　据历史记载，在明清鼎革之际，有一部分皇族成员，如皇太子朱慈烺、崇祯三子定王朱慈炯、四子永王朱慈炤，秦王朱存枢、晋王朱求桂、代王朱传(火+齐)，先被李自成农民军俘虏至北京。清抹攻陷北京后，这部分被俘皇族在兵荒马乱中失踪，生死不如，下落不明，一直成了历史疑案。
　　
　　为了躲避满清的迫害，一部分皇族成员，在国破家亡之后，纷纷隐姓埋名，或窜伏山林，或辗转流徙，开始了艰难的逃亡生活。如出自宁藩的宗室八大山人，在明亡后，便自动放弃了朱姓，自号雪个，后来干脆出家当了和尚，只是把明朝灭亡的日期，偷偷地组成花押签在他的画里，以志不忘自己是大明子孙。
　　
　　周藩分支安昌郡王朱肃渣，在安昌沦陷后，逃往浙东，投奔鲁监国以海。舟山失败，他战死，其子安昌长子朱某年幼，被母妃携带逃出，后为躲避清廷迫害，来到杭州杭净寺，出家拜豁堂和尚为师，做了和尚，后来到松江一个荒野破庵中偷生。母妃临死时将王印交给儿子，庵中僧人走漏了消息，结果安昌王长子仍被官府抓捕处死，同庵僧人受牵连而死者数百人。
　　
　　而在广东梅县地区也流传着一个传说，说是北京沦陷后下落不明的太子朱慈烺，其实与翰林院编修充东宫讲读的嘉应人李七淳一起潜回了李的家乡梅县。后为躲避清廷，太子也削发为僧，取法号“(大下面加罗)和尚”。并在梅州阴那半山中人迹罕到之处，建了一座庙，名叫“紫殿”，又叫“圣寿寺”，后便老死在此深山中。死后，他被当地人尊为“太子菩萨”。
　　
　　《清稗类钞·姓名类》记载，明亡后，“天潢贵胄，转徙流亡，无不改姓自晦”。《罪惟录·楚昭王桢传》也记载，楚藩分支祁阳王朱某，在明末楚藩沦陷后逃到福建。后福建沦陷，他与一个叫严炜的书生一起“更姓名入瑶中自保”。因此，今瑶族中，也应有明皇族的血统。
　　
　　《罪惟录》还记载，有某支宗室出生的诸生，明亡后绝望出家，初在无锡太子庵做和尚，后人又在界灯寺做住持，法号个纳，能诗会画，在当时颇有名气，但从不与人讲起旧时故事。
　　
　　还有一部分明朝宗室成员，则被迫投降了清朝，接受满人的统治，以使家族免遭绝嗣断代之劫。前期投降清朝的有潞王朱常(氵+芳)，其后裔不明。最后也是最大一批投降清朝的是逃到台湾的那一批。当年国姓爷郑成功父子收复台湾后，优礼宗室，所以1661——1663年间，有大批宗室成员渡海来到台湾。如1663年，辽藩长阳郡王之子宁靖王朱术桂保护鲁监国朱以海妃陈氏及遗腹子朱弘桓东渡至台湾。此间来台湾避难的还有泸溪郡王朱慈(火+著)、泸溪郡府将军朱慈某、奉新郡府将军朱慈(火+广)、奉南郡王朱和睦、益王朱怡镐、舒成郡王朱慈(火+喜)、乐安郡王朱义浚、巴东郡王朱尊(氵+柬)。这些宗室皇子王孙们受到郑氏父子礼遇，在台湾留居几十年。但到康熙二十二年(公元1683年)，清朝施琅攻陷台湾，郑氏政权降清，逃到这里的明朝宗室大都被俘，被迫投降，接受满清统治。据说当年施琅来到台湾，立即收缴这些皇族宗室的谱牒和印信。清王朝至此一统全国，大局稳固，便假示宽仁，没有再杀害这批明朝宗室遗民，而是将他们强迫内迁大陆，安置于山东、河南等郡县。这部分宗室后裔因此能够传递下来。
　　
　　在台湾失陷时，宁靖王朱术桂不忍做亡国奴，上吊自杀殉国。他没生子，以比他低一辈的益王朱怡镐之子为嗣，取名朱俨珍，当年才七岁。据史书记载，这位朱俨珍被强迁回到大陆后，于1693年被清王朝安置在河南开封府杞县，后裔遂居于此。
　　
　　又据资料表明，宁藩的一部分宗室后裔，明亡后仍留居江西，直到今天，仍是江西朱氏中的重要一支。这支家族在清末民国时还续修了《江西八支朱氏宗谱》，至今仍保存在江西省博物馆。另湖北沔阳一带，今天也有明朝宗室后裔存在。
　　
　　每当朝代鼎革时，新建的王朝总要铲除前朝皇族。但没有哪一个政权像满清王朝一样，因为自己是异族入侵，做贼心虚，对明朝宗室怕得要命，所以清初对明宗实行血腥的屠杀政策。这给凤阳朱氏带来了比明末农民起义更残酷、更可怕的灾难。直到康熙时期(公元1662--1722年)，情况才稍有变化。
　　
　　康熙七年(公元1668年)，清圣祖爱新觉罗·玄烨才下了这样一道圣旨：“诏故明宗室子孙众多，有窜伏山林者，令悉归田里；有改姓埋名者，姓氏皆复旧。”康熙二十三年(公元1684年)、三十八年(公元1699年)，康熙帝南巡时，又两次到南京拜祭明开国皇帝朱元璋的葬的孝陵，并下令求访明朝后裔，使奉守朱氏世祀。但因无法访察，没有结果。再到雍正二年(公元1724年)，清世宗胤禛正式访查出明宗室后裔朱之琏，封为一等侯，入正白旗令世袭，以奉明孝陵的春秋祀事(这样，明皇族后裔又有一支加入满族)。至此，明宗室后裔才结束逃亡生活，恢复了普通平民的身份。