毛泽东代理苏区中央局书记后，负责处理此事的领导机关错误地认定富田事变是“AB团”所进行的“反革命行动”，富田事变的性质再次演变成了敌我矛盾，成为反革命暴乱事件。谢汉昌、刘敌等被逮捕，并以“AB团”分子的罪名被处决。发展到后来，红二十军军长、政委以下、副排长以上所有干部均被处决，红二十军番号被取消，其余部被编入红七军。
王明把持的中共中央将富田事变定性为反革命事件后，立即将处理的决议发到全国各苏区。事情出乎毛泽东预料，完全失去了控制。肃反运动迅速扩大化，成千上万的无辜共产党人遭到杀害，无数忠魂变成冤魂。
富田事变及肃反扩大化，伤害了很多好人，引起了苏区部分领导干部和群众对毛泽东的不满，这就为毛泽东以后被撤职创造了干部和群众基础。《中国共产党历史》（上卷）指出：肃“AB团”“社会民主党”的斗争，是严重臆测和逼供信的产物，混淆了敌我，造成了许多冤假错案。各个根据地的肃反，都程度不同地犯了扩大化的错误，给革命事业造成了严重危害。
不与王明“左”倾教条主义错误妥协，毛泽东在赣南会议受批判尽管毛泽东在对富田事变问题的处理上和王明取得了一致，但毛泽东和党中央在许多问题上仍然存在分歧。如军事思想和路线、土地革命、根据地创建与巩固等。
中央代表团到达苏区后，贯彻以王明为首的党中央的“左”倾教条主义路线，对毛泽东、朱德的积极防御战略进行了无理指责。毛泽东据理力争，再次引起了党中央和中央代表团的不满。
王明最初是想拉拢毛泽东的，但他很快发觉自己错了，毛泽东不仅有着一整套自己的军事路线和见解，而且不能说服。于是，他放弃了拉拢毛泽东的打算。9月1日，中共中央发出长达1.2万字的《给苏区中央局并红军总前委的指示信》，再次对以毛泽东为首的苏区中央局进行了批评，认为“苏区同志对于立三路线的错误，尤其是国际路线的正确，还缺乏全部的深刻的了解”。
10月18日，王明在动身去苏联前，给苏区中央局发来了一个又一个电报。在第四号电报中，他再次严厉批评毛泽东：“苏区严重的错误是缺乏明确的阶级路线与充分的群众工作。”
1931年11月1日至5日，也就是在全国苏维埃代表大会召开的前夜，中央代表团主持召开了中央苏区党组织的第一次代表大会，地点在江西瑞金叶坪。通称“赣南会议”。会上，“左”倾教条主义者集中在四个方面批评了毛泽东：一、将毛泽东坚持从实际出发，指责为“狭隘经验论”；二、在土地革命问题上，指责毛泽东犯了“富农路线”，模糊了土地革命中的阶级斗争。因为当时党中央主张“地主不分田，富农分坏田”，毛泽东则以为应当给地主、富农以出路，主张“以人口平分及实行‘抽多补少，抽肥补瘦’的政策”；三、指责毛泽东在发展根据地问题上右倾保守，要求中央苏区“必须于最短的时间内，”与湘赣等苏区贯通；四、在军事上，指责古田会议确定的党对军队的绝对领导是“党包办一切”，认为毛泽东的“诱敌深入、后发制人”的战略是“游击主义的传统”、“保守主义”、“单纯防御路线”。会上，撤销了毛泽东苏区中央局代理书记的职务。苏区中央局代理书记改由项英担任。随后，会议改由项英主持。
赣南会议通过的《政治决议案》，“完全同意”中央指示信对中央苏区的全部批评，认为是“完全正确的”，并按照中央指示信的精神，逐条检讨了所犯的“缺乏明确的阶级路线与充分的群众工作”的“极严重的错误”，决定“将最大限度的努力去执行国际路线和中央指示的全部，彻底地转变党的路线”。提出：在根据地建设中，最大限度地开展阶级斗争。如农民消灭地主豪绅残余的斗争、雇农贫农反对富农的斗争、工人反对雇主的斗争；在红军工作中，要坚决反对落后的狭隘经验论，要教练阵地战、街市战、白刃战、夜战；在政权建设中，要“迅速洗刷”政府中的一切阶级异己分子；在土地问题上，实行“富农分坏田并且要以人口与劳力混合做标准”，坚决反对固执和拘泥于过去“抽多补少、抽肥补瘦”的机会主义；在党内思想斗争中，要反对“狭隘经验论”和“农民的落后意识”，“集中火力反对党内目前的主要危险——右倾”。赣南会议的召开及其通过的决议案，表明苏区中央局事实上已经全面接受了中央指示信中的错误主张。
被免去了苏区中央局代理书记的毛泽东，在全国苏维埃代表大会上被选为中华苏维埃共和国中央执行委员会主席兼人民委员会主席，改做政府工作。
不执行临时中央和苏区中央局北进命令，毛泽东在宁都会议上被解除军权难以避免
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