当一九四五年一月九日美军在吕宋岛登陆之后，日本帝国大本营颁布了一道新命令----天皇在二十日所批准的----用以指导未来的本土防御作战行动。该命令要求驻菲律宾的日军继续抵抗，以延缓美军对日本的主要环形防线的推进速度。这道环形防线是指延着二十五度纬线自硫磺岛向西至台湾一线。在这一线以北，将采取措施加强上海、朝鲜南部海岸以及琉球群岛的据点。这一工作将于二月和三月完成，日本人将计划重点防御集中在琉球群岛的冲绳岛。
但是，这一工作尚未开始，美军的两栖部队于二月十九日展开对琉磺岛的入侵，就将日本的这一环形防线的东端分割开来。在马里亚纳群岛的B-29的作战史上，那一天也具有重大的意义。在十九日，第二十航空军的指挥部向李梅发出了新命令，急剧地改变了空袭战役的进程。该命令将“试验性”燃烧弹空袭提到了优先位置，高于对日本飞机工业的袭击。为了证实这种燃烧弹的实战性，B-29的指挥官又获得了托马斯·S·鲍尔准将所指挥的超级堡垒联队。几天之后，李梅下令对东京实施首次燃烧弹的空中攻击。二月二十五日，一百七十二架B-29----袭击日本以来最多的一次----在高空透过浓密的云层投下四百五十吨燃烧弹，造成了重大的破坏。空袭后的照片显示，东京一平方哩面积变成了废墟。根据东京都警视厅的记录，空袭行动使得二万七千九百七十幢建筑物被移为平地。第二十一轰炸司令部损失了六架飞机，其中两架被敌机撞毁。
空袭后的第二天，裕仁天皇在东京接见了前首相东条英机，听取他对战争局势的意见。一连几周，天皇还召见其他资深的政治家。除了近卫公爵----他认为日本已经战败----以外，其他任都表示日本应该继续战斗下去。二月二十六日,东条英机告诉天皇，他并不担心B-29的空袭和日本的前途，他估计美国人不可能再增加轰炸机的空袭，甚至无法保持目前的攻击率。他认为，与盟军对德国的攻击相比，这种攻击可说是“微不足道”，并说:只有当东京日复一日地受到来自日本附近的数千架飞机的轰炸，才能与德国的情况相比。而实际上，日本面临的是每周一次来自两千多公里外的一百来架B-29的袭击。如果这么一件“小事”就使日本人民失去信心的话，那么，要实现大东亚圣战的目标是绝对不可能的。这位前陆军大臣、关东军参谋长清楚地表达了帝国大本营的态度，即准备打一场保卫本土的“决定性”战役。
东条英机和他的军中同僚都未能预见到即将降临于日本的浩劫。攻击来临之前，有过一段短暂的太平日子。三月四日，即高空燃烧弹轰炸后的一个星期，第二十一轰炸司令部按老方式又进行了一次袭击。这样一来使东条英机证实了自己的看法。这是一次日间高空精确轰炸，目标仍是东京的中岛飞机工厂。一百五十九架B-29飞抵目标后发现，目标又被云层所遮掩。他门只得进行雷达投弹,投下了五百吨高爆炸弹，待飘然的尘埃落地后，中岛飞机工厂被发现完好无损地耸立在原处。八百七十五架轰炸机作完八次这样子的轰炸后，中岛飞机工厂仅遭受到百分之四的破坏，而这些破坏的大部份是几个星期以前海军的航空母舰上的舰载机所造成的。三月四日的空袭似乎彻底证明了高空精确轰炸是无效的。陆军航空军最优先轰炸敌方的飞机工厂或发动机工厂的行动，虽然使得其中一家遭到了严重的破坏，还有一家被迫大量减产，但是却没有任何一家因此完全丧失生产能力。在战争结束后，美国战略轰炸研究小组将早期B-29作战的失败，归因于陆军航空军始终坚持精确轰炸的信条。
虽然早期的轰炸破坏效果甚微，但是，它却产生了巨大的间接效果。它们迫使日本人疏散其飞机制造工业，因而大大地减少及延缓了其飞机机体和发动机的生产，甚至新型机的开发进度。例如:一九四五年初，日本陆军和海军都拼命在开发新的攻击机，用于攻击B-29以及即将入侵日本本土的盟军舰队。其中一种是德国于一九四五年初将梅塞希密特Me262喷气战斗机的设计蓝图密交给日本开发部，日本加以仿制而制造出来的“橘花”战斗机。一九四五年一月二十五日，日军开始评估其飞机的性能，并着手开始建造第一架原型机，但是由于B-29的空袭行动，研制“橘花”的东京工厂被疏散至首都郊外的农场棚屋内直到四月才又开始其研发的工作。六月二十五日生产出第一架原型机，八月七日----日本投降的前夕----换上新发动机进行了第一次的试飞。虽然这种飞机和其它的新型日本飞机不太可能去扭转战争的局势，但是，不容否认的是，B-29的空袭瓦解或疏散了约一百家日本的飞机制造厂。美国战略轰炸研究小组发现,这一举动比直接空袭造成的效果更大。
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