钓鱼台撞船事件告一段落后，处于自一九七二年断交以来罕见低迷的日台关係如何修补，双方都进入了摸索的阶段，其中一个重要关键是如何解读马英九的“反日”情结与事件发生后台湾社会弥漫的“反日”情绪。

　　始自台湾总统大选期间，就有日本部分政界人士、媒体、亲台团体、右翼组织对马英九一旦当选后的日台关係表示忧心。其主要依据是马英九从青年时期开始对钓鱼台立场的执着以及由此展现出的中华民族主义热情。

　　事实上，马英九在台北与波士顿求学期间就参与了当年轰轰烈烈的保钓运动。他获取哈佛大学博士资格的论文《怒海油争：东海海床划界及外人投资之法律问题》以及一九八零年出版的《从新海洋法论钓鱼台列屿与东海划界问题》都使他成爲钓鱼台问题的专家。

　　二零零五年日台发生渔权之争，时任台北市长的马英九还痛批当时主政的民进党政府，指出“政府必须要有不惜一战的态度,才能让日方重回谈判桌”，从此马英九就被贴上“反日”的标签。去年十一月大选期间马英九到访日本，在接受NHK（日本放送协会）访问时解释称他只是“知日”并非“反日”。然而，他的到访却引来包括“恢复主权之会”等日本右翼团体的抗议。

　　另一方面，台湾向来被视爲世界上最亲日的地区。与日据末期台湾社会井井有条的印象相比，战后国民党统治初期的乱象以及“二二八”事件的发生，使老一辈的本省籍民衆对“日本时代”念念不忘。受到老一辈正面印象的影响，自一九八零年代以来，年轻一代对战后日本发展的肯定、对日本社会精神的推崇与日式流行文化的着迷，使台湾一跃成爲“哈日”大本营并经久不衰。

　　然而，马英九甫上台就发生了钓鱼台撞船事件，期间群情激昂，行政院长刘玄与部分国民党立委更一度喊出“不惜一战”的豪言，一时之间，台湾呈现了与多年来的“亲日”截然不同的景观，也让日本社会感到错愕。日本舆论更担心台湾与大陆联手“反日”，六月十七日的《东京新闻》社论就表达了忧虑，称“如果（两岸）对中华民族主义的共鸣导致强硬的对日态度，那将是日本的噩梦”，而翌日的《读卖新闻》社论也向马英九新政权提出质疑：“积极向中国靠拢的台湾，是否连反日情绪也要（和大陆）共享？”

　　战后的台湾，前期处在严峻的内战与冷战格局，而自一九八零年代后则在围绕着“台湾主体性”上耗尽社会能量，使之至今仍未能坦诚面对那五十年的日本殖民统治。而缺乏对殖民主义反省的“亲日”情结，加上两岸关係长期紧张，以及过去十多年来李登辉与陈水扁推行的“亲日”政策，也使日本接收了错误的讯息，构成了日本“反中”、“亲台”、“右翼”三个概念的高度重叠，以及九十年代以来日台关係黄金时期由这些势力与旅日独派反中人士携手营造的客观现实。

　　显然，在台湾社会早已根深柢固的“亲日”情结并不因这次钓鱼台冲突事件而轻易瓦解。然而，透过这次撞船悲剧，台湾社会如何在反思后殖民主义与重构健康的“亲日观”上获得啓迪，而日本社会如何藉此转机重新认识台湾，共同合作建立跨越殖民阴影与对等的新日台关係，还有待观察。