陈水扁下台了，但台湾人对他的关注并没有随之结束，因为他给大家留下了太多悬念：他会因“国务机要费案”坐牢吗？他会受到什么样的追究？4年前把他送上“总统”宝座的“3.19枪击案”是不是他自导自演？民进党会怎么样对待陈水扁？……5月21日，所有这些关注点同时爆发：“枪毙陈水扁”风波在闹大，台湾“海巡署”通令台湾各安检所严防陈水扁从海路“出境”，台“国防部长”陈肇敏“斩钉截铁“地说陈水扁肚皮上的伤绝对不是在第一现场造成的，民进党目前没有纪律处分陈水扁的计划。看来陈水扁即使下台，对他的争论还会持续，“盖棺仍难定论”。
　　
　　“枪毙陈水扁”风波在闹大
　　
　　5月21日，民进党及亲绿营的媒体一片为陈水扁喊冤的声音，据《中时电子报》报道，台湾前“副总统”吕秀莲21日发表“卸任”感言时，大声为陈水扁抱屈。吕秀莲说，20日上午陈水扁离开“总统府”半个小时后，“最高检察署”特侦组马上宣布陈水扁列为被告，当她傍晚看到新闻时，还起“鸡皮疙瘩”。民进党“立委”蔡同荣批评说，陈水扁“卸任”即变成被告，“这是不文明的做法，为何不能再晚一二周？这应该是对一个总统的礼数，对很多选陈水扁当总统的人是个侮辱”。
　　
　　在民进党对检方的一片批评声中，亲绿的《自由时报》21日爆出“枪毙陈水扁”事件。《自由时报》报道称，20日下午特侦组召开正式记者会，会后，承办“国务机要费案”检察官之一的吴文忠与媒体闲聊，被询及陈水扁会不会被起诉时，竟突然脱口而出说“应枪毙才对”，“媒体一阵哗然，气氛变得诡异”。《自由时报》还报道称，吴文忠稍后称他是开玩笑，“怎么可能枪毙他（陈水扁）”，此案才开始分案调查，起不起诉都还不知道，“玩笑话别当真”。
　　
　　《自由时报》评论称，陈水扁20日的遭遇是“我国元首卸任后被列为被告侦查的首例，动员8位检察官调查也甚为罕见”，“此举虽是依法”，实际却有借机“修理陈水扁”的意味。而吴文忠的说法让人不得不怀疑他的政治立场，让人质疑他还适合不适合继续侦办这个案子。21日下午，《自由时报》网站在即时新闻中称，“枪毙陈水扁说”风波效应有扩大趋势，新任“法务部长”王清峰称“陈前总统应枪毙”的发言“不宜”，当面指示“检察总长”陈聪明展开行政调查。不过，台湾“中央社”的消息称，吴文忠说他绝对没有讲要“枪毙陈水扁”。吴文忠说，他于席间曾谈到“枪毙”，但停顿数秒后，即表示是针对死刑犯，特别是强奸杀人犯应“枪毙”，言毕在场者均哄堂大笑，完全未曾提到“枪毙陈水扁”等话。吴文忠说，他对有媒体歪曲不实的报道深感“诧异与遗憾”，当时在场的其他记者对出现这种报道也觉得不可思议。
　　
　　“海巡署”通令严防陈水扁逃跑
　　
　　岛内有分析认为，绿营造出“枪毙陈水扁”风波，实际上是要陈水扁在失去“刑事豁免权”的保护伞之后，想替他撑起一把舆论同情的保护伞，但这一招能否管用还未可知，反而是台湾检方的行动在加紧展开。据台湾媒体报道，“特侦组”20日除了把陈水扁列为被告，还对他出境采取管制措施，要求“移民署”、“警政署”、“海巡署”等相关单位，如果陈水扁要求出境或得知陈水扁准备出境时，应立即通知“特侦组”所指定联络人，届时再由检察官斟酌处理。据《联合报》报道，台湾“海巡署”20日下午5时05分接获“最高检察署”传真通报，将陈水扁列为“境管通知”对象后，“海巡署”当即通令台湾各安检所、站，如果发现陈水扁欲由海路出境，立即汇报。
　　
　　根据台湾相关规定，这意味着如果“海巡”、“航警”等单位一旦发现陈水扁准备出境，必须在第一时间电话通报“特侦组”。如果检察官不同意陈水扁离境，会立即传真拘票到港口或机场，由执勤人员将陈水扁留置、拘提。
　　
　　最快下周传讯陈水扁
　　
　　台湾媒体报道称，为了侦办陈水扁的“特别机要费案”，特侦组检察官全部出动，分3组清查陈水扁家族资金流向、研究判断陈水扁到案说法、稽查“国务机要费”是否符合公务使用，甚至不排除赴海外查账。至于何时传唤陈水扁，“特侦组”表示，考虑陈水扁刚“卸任”，还要搬家等，待他安定后再讯问，近日会先和陈水扁联络、确认时间。“特侦组”预计最快于下周传讯陈水扁，如果案情需要，将会传唤陈水扁的夫人吴淑珍到案说明。台湾检方表示，陈水扁曾以证人身份向检察官说明“国务费案”，检察官未来讯问陈水扁，会给他应有的被告防御权，他可以找律师陪同应讯。
　　
　　此外，台湾检方2006年起诉吴淑珍后，去年9月6日陈水扁以其特权，将“国务机要费案”相关笔录、录音、电磁记录及书面数据、甚至复制物等，都核定为绝对机密，想让它们永久保密、不得公开；此举让案件审理受阻、一再拖延。为扫清障碍，负责此案的“特侦组”于20日下午派专人持函至马英九办公室，建议马英九尽速将“国务机要费案”卷证解密，以利法院审理。
　　
　　陈水扁“盖棺论未定”
　　
　　“特别机要费案”并不是陈水扁面临的唯一麻烦。
　　
　　21日，台湾新任“国防部长”陈肇敏首次赴“立法院国防委员会”备询，“斩钉截铁”地表示，2004年“3.19枪击案”时陈水扁肚子上的枪伤，绝对不是在台南市枪击案第一现场造成的！此语一出，引起现场一片哗然，并引起民进党“立委”蔡煌琅的攻击。吕秀莲当天也回应说，她“以生命保证”，“3.19枪击案”绝对不是“自导自演”。21日，蔡英文正式接任民进党主席，她在被问及民进党是否会对陈水扁祭出党纪时称，现在谈党纪还言之过早。岛内有媒体质疑说，蔡英文最大的挑战，其实在“如何清洗陈水扁贪腐王朝遗留的污秽”，但陈水扁下台后摇身变成“独派”的教主，形势不啻又回到陈水扁借“独派”挟持民进党的局面。
　　
　　对于目前陈水扁面临的争议，《联合报》评论称：“失去刑事豁免权的阿扁，不晓得还有多少事情会被揭发。八年功过该几分开，尚难有结论。可谓暂且盖棺，论仍未定！”