中国国家主席胡锦涛即将访日，台湾的陈水扁5日说，中日领导人要签署第四个政治文件，希望不要有伤害台湾的文字出现。陈水扁并以一贯的台独立场强调，台湾是“主权国家”，不是中国的一部分。据中央社报道，陈水扁5日下午颁赠大绶景星勋章给日本众议员玉泽德一郎（Tamazawa Tokuichiro），称表彰他长期致力促进台日双方实质友好关系的卓越贡献。
　　
　　在台日经贸议题方面，陈水扁表示，过去几年台日都能够达到超过600亿美元以上的贸易总额，且日本享有超过300亿美元的顺差，在此基础之上，台日贸易还有许多的成长空间，可以继续共同携手努力。对于5月19日世界卫生大会（WHA）即将开议，陈水扁表示，期盼日本政府能“一秉初衷”，继续支持台湾成为观察员。此外，胡锦涛即将访问日本，陈水扁首先表示，乐见日本与中国能够改善双方关系，中日双方关系的改善绝对是符合台日的共同利益。而对于中日国家领导人所要签署的第四个政治文件，陈水扁则坚持一贯的台独言论表示，希望最后不要有伤害台湾民众的文字出现；还说：“台湾绝对是一个主权国家，不是中国的一部分。”他指出，玉泽在促进台日间的交流与合作，贡献卓著，其中包括台湾旅客到日本享受免签证优惠待遇，及前不久促成台日互相承认驾照。此外，也在玉泽协助促成下，日本首度输出新干线技术到台湾，让台湾成为全世界有高铁建设仅有的六个地区之一。
　　
　　陈水扁还有14日就要走下台湾总统的宝座，但日前爆发的台湾金援巴布亚新几内亚丑闻让他在卸任前再次成为关注的焦点。国民党立委邱毅证明，此金援案就是陈水扁政府此前说的“南线项目”，由此金援案的大火烧向了国务机要费案；邱毅还以照片证明，陈水扁早已认识失踪的外交掮客，而且关系良好。种种证据似乎都证明陈水扁和金援案脱不了关系，邱毅认为，现在如果找不到金纪玖，这起弊案就会变成世纪悬案；邱毅还说，打蛇打七寸，“要查金纪玖，先查陈水扁；要追金纪玖，先追陈水扁。”检方应限制卸任的陈水扁出境。