中国国民党“总统”候选人马英九以绝对优势赢得“大选”，在日本媒体、学术界引起了广泛了关注，纷纷猜测和评价这次选举对将来日台关系的影响。有日本媒体认为，马英九上台后台湾可能逐渐向中国靠近，“若中台接近，将给东亚形势造成很大影响”，日本应该做好充分的准备；也有媒体分析说，马英九上台后日台关系有望更加稳定，因为马英九将“推进基于经济的、务实的日台关系”。在学术界，有的学者对国民党赢得“立法院”2/3席位后再拿下“总统”大位表示“担心”，称台湾变得太快，“日本会不容易适应”；但也有学者表示，马英九胜选给日本带来良机。
　　
　　日本媒体对马英九当选反应不一
　　
　　“这是一个比较敏感的话题。”就日本如何看待马英九当选对日台关系的影响，刚刚采访完台湾“大选”回到北京的日本《朝日新闻》驻中国记者这样说。该记者说，其实对日本来说，不管是马英九当选还是谢长廷当选，差别不是特别的大。“马英九当选对日台关系有不利的影响，但也有好的一面”。这位《朝日新闻》记者显然对马英九当选对日台关系的影响存在复杂的看法，这一点在马英九当选后日本各大媒体的报道和评论中反映地也非常明显。日本《产经新闻》就在报道中说，“战后，国民党统治台湾超过50年，至今其干部中仍有很多外省人”，“在祝愿台湾民主体制继续发展的同时，我们也希望，日本政府能够从政治、外交、经济和安全等广泛的领域出发，针对台湾‘政权’更迭造成的地缘政治变化做出充分准备。”该文章还指出，日台关系存在着不稳定因素，“国民党仍然残留有反日倾向”，而马英九个人在尖阁群岛（钓鱼岛）问题上与日本也存在分歧。文章最后还强调，“台湾是日本的生命线，我们应该对台湾的变化保持超出以往的关心”。
　　
　　但也有日本媒体对马英九当选后的日台关系表示“乐观”。日本《朝日新闻》3月24日就在题为“马当选后日台关系有望稳定”的文章中援引分析人士的话说，“反对党候选人马英九赢得‘总统’选举不可能改变目前日本与这个岛屿的关系。”该文章报道称，熟悉日台关系的消息人士表示，与现任的民进党籍“总统”陈水扁相比，马英九将更加着力推动基于经济的、务实的日台关系。文章还分析说，陈水扁把“外交”的重点放在联合美国、日本对抗中国大陆上，但国民党重视改善台湾与中国大陆的关系，重视恢复陈水扁时期恶化的与美国的关系。“所以，‘新政府’可能会在美国、中国大陆和日本之间保持平衡”。此外，《日本时报》也援引马英九“外交”幕僚的话说，在5月20日就职之前，马英九有望访问美国和日本。“马英九访问美日主要就是为了重建台湾与美日的沟通渠道以及相互信任关系”。
　　
　　学界：有的深感担忧 有的视为良机
　　
　　据记者了解，对于马英九的当选，日本《朝日新闻》、《读卖新闻》以及《日本经济新闻》等日本主流媒体在评论的部分都不约而同地引用了日本台湾问题专家若林正丈的分析。若林正丈是日本东京大学教授，长期以来从事台湾政治以及台湾近代史的研究，是日本比较有影响的台湾问题专家。对于马英九以压倒性优势赢得“大选”，若林正丈总的分析基调就是“深感担忧”。其实，早在台湾“大选”前，若林正丈在接受媒体采访时就表示，“以‘总统‘的权力，若再加上3/4的‘国会’，这会是很大的诱惑，台湾将来会走得很快，可能向这里，也可能向那里，站在日本的立场，并不希望台湾未来转变得太快，否则日本会比较不容易适应”。当时若林正丈对目前台湾的政治局势的担忧就溢于言表：“如果马先生当选，什么都可以做，因为3/4嘛，可以禁止民进党，可以禁止台湾主张独立，以取得中国的信任，逻辑上是可以的。”
　　
　　虽然在日本精英层中，有不少人有着强烈的“台湾情节”，对于属于“外省人”的国民党在心灵上距离比较远，觉得马英九的当选让日本“不放心”，但也有日本学者超越了这种历史羁绊，以更广的视角来看待马英九当选对日台关系的影响。日本另一位台湾问题专家、现任日本文部省教科书调查官门间理良就认为“马英九胜选给日本带来良机”。 门间理良在台湾“大选”前接受美国之音采访时就表示，如果国民党获胜，两岸关系短期内可将出现好转，不排除未来两岸实现统一的可能，同时这对于强化日台关系也是一个不可多得的良机。有些观点认为马英九是“亲中”的政治家，而且有“反日”情节，这对日本尤其不利，但门间理良却认为，马英九当选，两岸关系会走向稳定，加之目前中日关系、中美关系都处于良好状态中，在这样一个大环境下日本强化与台湾的事务性关系，被说成是支持“台独”的说法就很难成立。