在美国和伊朗在伊拉克问题、核问题上尖锐对峙的同时，两国还爆发了激烈的间谍战。伊朗政府5月26日宣布一举破获美国等西方国家的若干间谍团伙，重创了其对德黑兰的情报活动。据伊朗国家电视台报道，伊朗情报和安全部发表声明说，他们在伊朗西部、西南和中部成功破获和粉碎了多个间谍网络，其中不乏伊拉克占领军派出的谍报人员。声明没有详细介绍这些反间谍活动的细节，但表示将在未来几天公布更多的内容。不过，有伊朗媒体透露，这些间谍网络受伊拉克占领势力的保护，一些伊拉克组织也牵涉其中。
　　
　　美国白宫5月26日对上述指控既不证实也不否认。白宫副发言人达娜·佩里诺只是称：“美国敦促伊朗在伊拉克问题上发挥积极作用，不要再把自找的麻烦推倒他人头上。”美国广播公司5月22日援引情报界人士的话说，经总统布什批准，美国中央情报局正在从事颠覆伊朗政府的秘密行动。伊朗随后宣布破获美国间谍组织，无疑在向华盛顿发出信号，要求其停止对德黑兰政权的破坏活动。自从美英入侵伊拉克以来，德黑兰经常指责美国和英国在伊朗边境地区支持反政府组织，并派遣间谍潜入伊朗刺探情报，破坏伊朗伊斯兰共和国的安全。
　　
　　伊朗电视台日前称，伊朗本月逮捕了10名从东部边境入境的男子，缴获了50万美元现金、伊朗敏感设施地图和现代化的间谍设备。近几个月来，伊朗还逮捕了多名伊朗裔美国人，指控他们企图颠覆政府。伊朗司法部门发言人阿里·礼萨·贾姆希迪日前宣布，美国华盛顿伍德罗·威尔逊国际学者中心中东项目负责人哈莱·埃斯凡迪亚里已经在德黑兰被捕，关押在德黑兰伊温监狱，罪名是成立颠覆政府的组织，危害伊朗国家安全。伊朗政府还禁止美国“自由欧洲广播电台”伊朗裔记者阿奇马、美国非政府组织成员阿里·谢克利和塔杰巴赫什离境。美国前联邦调查局特工罗伯特·莱文森今年3月前往伊朗后失踪。美方要求伊朗帮助寻找，但伊朗表示，不知道他的下落。
　　
　　伊朗情报部长穆赫辛尼·埃杰耶今年年初还宣布，伊朗在其边界地带已发现约100名为美国和以色列工作的间谍，他们试图搜集伊朗的政治、军事情报，已处于伊朗情报部门的严密监控之中。他还表示，伊朗同时也发现并逮捕了“一些打着接受教育培训的幌子，试图前往国外接受谍报训练的伊朗人”。而在上世纪80年代末到90年代初，伊朗方面就曾根据截获的秘密通信资料，将大约50名美方安插的“内线”一网打尽。在大打间谍战的同时，美国和伊朗两国大使5月28日即将在巴格达罕见地举行直接会谈，讨论对两国利益攸关的伊拉克问题。华盛顿一直指责德黑兰向伊拉克武装提供资金、武器和训练支持，以袭击驻伊拉克美军。但伊朗方面对此矢口否认。美国驻伊拉克高级官员透露说，伊朗正在加强与伊拉克各派的联系，以期发动针对美英军队的夏季攻势，逼迫美国决定从伊拉克撤军。
　　
　　美国军队今年1月在伊拉克逮捕了5名伊朗官员。华盛顿称，这5人是伊朗革命卫队成员，正在训练伊拉克武装分子。而德黑兰则坚称，这些人是伊朗驻伊拉克联络官，要求美国尽快将其释放。斯兰革命以来，美国和伊朗的外交关系一直陷入中断。5月23日，包括两艘航母在内的9艘美军战舰通过霍尔木兹海峡进入波斯湾海域，向德黑兰炫耀武力。两国关系更加紧张。