航母编队防御能力强，突防难
虽然世界上各国的航母战斗群目前还都不具备反弹道导弹能力，但以美国为首的一些国家正在发展以“标准”系列导弹为核心的“宙斯盾”BMD反导系统，最终的拦截高度将达N500千米，这一高度足以实现对中远程弹道导弹的拦截。2007年4月，美国国防部透露，美国海军计划2009年初在全球部署的18艘反导型“宙斯盾”舰中的16艘部署在13本、夏威夷等“太平洋地区”。这些“宙斯盾”舰无疑可能成为美军航母编队的组成部分。
美军1个航母队编成一般装备有“宙斯盾”系统的提康德罗加级导弹巡洋舰和伯克级导弹驱逐舰各两艘，其中至少1艘为BMD型。针对西太的导弹威胁，BMD型“宙斯盾”舰有可能增加到4艘。而在2009年初太平洋地区的美国航母与“宙斯盾”舰之比将达到1：8，这些导弹防御型“宙斯盾”舰可以针对主要方向多层部署与拦截，使拦截成功率成倍提高。
此外，目前外界一般认为反航母弹道导弹采用末制导方式，而这一方式中弹道导弹重返大气层会在弹头周围形成等离子鞘。这是因为弹头高速再人大气层时，由于气动力加热，弹头表面出现高温，空气分子开始分解为原子，而原子又进一步被分解为正离子和电子。由于这时出现的正离子和负离子的电荷量是相等的，所以被称为“等离子体”，弹头在高速再入过程中，周围形成的“等离子体”可以象刀鞘一样将其包裹，其可以隔绝弹头内外的电磁波，使其进入很长一段黑障区。这使所有无线电信号均被隔绝，末制导雷达无法工作，只有在最后时刻降低弹头再入速度，末制导雷达才能发挥作用。因此在末制导方式中，弹头会降低速度，然后采用与巡航导弹景象匹配类似的技术，这无疑使弹道导弹失去了突破反导防御的最佳手段--“高速再入”。可见，雷达末制导在提高导弹打击精度的同时，也使其更容易被拦截。因此，在有防备的情况下，弹道导弹打击航母甚至比打击地面目标的突防难度更大。
导弹飞行弹道固定，击中难
由于在最后一次发现航母后，航母有可能转变航行方向，因此航母的分布区域是以最后的发现点为中心的一个圆形海区，而在30分钟内的机动海区可达700平方海里，要覆盖这么大的区域，现有常规武器是无能为力的。
而常规导弹在发射前需要在弹内装定目标的精确坐标参数，如果使用末制导技术，就需要在弹头制导系统内装入目标信息。例如，采用末制导技术的“潘兴2”导弹专门设计了一套基准图像生成设备，其将目标坐标和国防测绘局提供的地形数据列成数字基准图像，并储存在磁带上，然后通过数据联络线引入弹上计算机，以实现末制导雷达图像的匹配。即使我们克服了侦察技术的局限，装入了较为精确的航母坐标参数和匹配用雷达图像，而导弹近千千米的飞行也需要10余分钟，而这一时间内，航母也已经移动了10余千米，已逃脱了弹道导弹的杀伤区域。这就好像用枪打击飞行的小鸟要有一定提前量一样，而如果这时小鸟突然转向，其被击中的可能性就小多了。
此外，由于弹道导弹再入击中目标时的速度非常高，而末制导的高度受到等离子鞘影响不可能太高，因此末制导对弹头的作用是有限的，这也会使其打击精度受到一定影响。例如，美国“潘兴2”导弹在应用末制导技术后精度提高了10倍，但CEP也只有30米，这在弹道导弹中已经非常高了，但与巡航导弹相比还差得比较远。而且弹道导弹再入弹道相对飞航导弹要垂直的多，因此其不可能象飞航反舰导弹那样攻击其吃水线，而只能从上至下打击其甲板以上建筑，这都对最终的破坏效果造成了一定影响。
航母结构坚固，破坏难
航母经过数十年的发展，已经成为了世界上最坚固的水面目标。例如，美国的尼米兹级航母采用封闭式飞行甲板，机库以下舰体为整体密封结构，舰底部为双层底，双层底与飞行甲板之间设有多道横向水密舱壁。水线以下部分每隔12～13米便设有一道横隔舱壁，全舰共设有23道水密横隔壁和10道防火隔壁，这些纵横隔壁构成全舰水密舱段共达2000多个，使该级舰具有很高的不沉性。该舰的甲板和舰体全部用优质高强度合金钢制成，舷侧某些部位的钢板厚达63.5毫米，可有效地防御半穿甲弹的冲击。此外，考虑到近年来导弹攻击威力的增大以及火灾造成的损害，尼米兹级舰甲板和舰体全部使用了高弹性高强度合金钢，以抵御半穿甲弹的攻击，而且还在舷侧部分区域加敷了大约64毫米厚的“凯夫拉”装甲防护敷层，对弹库和机舱等关键舱室装备了抗导弹攻击的箱式保护。该级舰不仅在结构上设有10道防火隔壁，而且在危险性最大、事故发生率最高的机库内除设置有16台喷淋／泡沫消防设备，还安装有两道滑动式防火门将机库分成三个区段，以便在危急时将火灾区和中弹区段隔开。在飞行甲板上也设有18台大流量的喷淋／泡沫喷射装置，供消防和三防之用。以上能力可有效遏制由于遭到攻击而引起的舰内大火、弹药库爆炸、有毒浓烟、窒息等二次破坏效应。
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